Во второй половине ноября 1918 – марте 1919 г. он ездил в командировку в Омск, на совещание казачьих представителей при помощнике военного министра по казачьим делам и далее – на Дальний Восток. С этой поездкой и были связаны основные события его конфликта с Дутовым. Созыв совещания официально мотивировался следующим: «Верховн[ый] Главноком[андующий], принимая во внимание заслуги казачества в борьбе за возрождение России, дабы в дни устроения ее не нарушить вековых традиций и особенности быта казачьих войск, с целью урегулирования ряда экономических, хозяйственных, военно-административных и бытовых вопросов, разрешенных и проведенных в жизнь в период всеобщей разрухи войсковыми самоуправлениями крайне разнообразно, а также для выработки общих для всех казачьих войск положений, приказал установить при моем (военного министра. –
В Омске Рудаков рассказал о нужде войска в теплой одежде, вооружении, боеприпасах, подготовленных резервах и моральной поддержке (присылке хотя бы небольшой части другого казачьего войска)1397. Рудаков встретился с Верховным Правителем и Верховным главнокомандующим адмиралом А.В. Колчаком, начальником штаба Верховного главнокомандующего Генерального штаба полковником Д.А. Лебедевым и со всеми министрами. Военный министр выделил войску 2 миллиона патронов, перевозившихся из Владивостока, министр финансов сообщил о выделении Оренбургу 5 миллионов руб., еще 5 миллионов сдано в полевое казначейство Юго-Западной армии, и такая же сумма была обещана в ближайшее время. Рудакову было сообщено, что из Америки ожидалось поступление 600 миллионов руб., из которых 100 миллионов должны были быть направлены Дутову1398. Совещание казачьих представителей состоялось 29 ноября1399.
Одергивания Рудакова со стороны Дутова начались уже в декабре 1918 г. 11 декабря 1918 г. Дутовым в Омск полковнику Н.С. Анисимову для передачи Рудакову была направлена телеграмма: «Войсковое Правительство, командируя Вас, не дало Вам право рекомендовать [от] имени Правительства кого-либо [на] административные должности и особенно [на] должность Губернского комиссара»1400. Почти три недели спустя, 31 декабря 1918 г., Дутов «ввиду перегруженности работой и невозможности без ущерба дела вести столь сложную отрасль Государственного Хозяйства, как продовольствие» назначил Рудакова вместо себя главноуполномоченным Всероссийского правительства по продовольствию Оренбургской губернии, Оренбургского казачьего войска, Тургайской области и Башкурдистана1401. Однако в дальнейшем их отношения резко ухудшились.