Ракеты, тягачи, топливозаправщики, тысячи военнослужащих погрузили на суда в Мурманске и Североморске. В операции задействовали более 100 гражданских транспортных кораблей. Всё засекретили в наивысшей степени. Ни капитаны судов, ни офицеры, ни тем более солдаты ничего не знали о конечном пункте назначения. Более того, всем выдали зимнее обмундирование, тулупы, лыжи и валенки. Из тех же соображений секретности в Министерстве иностранных дел об операции знал только его глава. Не был информирован даже посол СССР в США Анатолий Добрынин, позже, в ходе острой фазы кризиса, он был вынужден решительно отрицать наличие советского ядерного оружия на Кубе.
Кроме собственно стратегических ракет и ракет средней дальности с ядерными зарядами, на Кубу переместили ракеты ПВО, фронтовые крылатые ракеты, авиацию, бронемашины, сотни автомобилей, всю необходимую строительную технику, включая бульдозеры и самосвалы. Общая численность советского контингента составила 42 тысячи человек. Основным ударным соединением операции стала 51-я ракетная дивизия: 24 одноступенчатые ракеты Р-14, разработанные под руководством конструктора Михаила Янгеля. Ракета могла поражать цель на расстоянии 5 тысяч километров.
Общая масса залпа дивизии составляла 70 мегатонн: в случае одновременного удара всё Восточное побережье США, от Нью-Йорка до Майами, в течение получаса превращалось в радиоактивную пустыню. А при желании можно было ударить и по Западному побережью: Р-14 могла долететь и до Лос-Анджелеса.
Вооружённые силы революционной Кубы не принимали никакого участия в развёртывании советского войскового соединения. Русские сами разгружались в порту Гаваны, сами выставили охрану, сами построили военные городки, сами провели к ним дороги, сами обеспечили себя электроэнергией от передвижных генераторных станций, привезли с собой своё топливо, своё продовольствие, действовали совершенно автономно. Руководство Кубы, включая Фиделя Кастро, имело лишь общие представления о силе сформированного ударного кулака.
Несмотря на уверения маршала Бирюзова, замаскировать стартовые позиции «в складках местности» не удалось. Всё-таки ракета Р-14 имела длину в 24 метра, и её обслуживали транспортная платформа, автокран, несколько топливных заправщиков и множество дополнительных единиц техники, десятки квалифицированных прапорщиков и офицеров, а также солдат обслуги и охраны, которым надо было размещаться где-то неподалёку в палаточных городках. Вдобавок по правилам военного искусства надо было оборудовать ложные позиции, макеты ракет и стартовых столов, чтобы ввести в заблуждение неприятеля. Все передвижения осуществлялись в основном ночью. В операции «Анадырь» принимал участие и будущий министр обороны России Дмитрий Язов, оставивший интересные мемуары «Удары судьбы». Существуют и другие тексты, записанные ветеранами тех событий.
Американская разведка проявила себя не лучшим образом. На Кубе действовали американские диверсанты и многочисленные осведомители из числа местного населения. Над островом курсировали самолёты-разведчики, в том числе высотные У-2. При этом в Вашингтоне полтора месяца — с начала сентября до середины октября — ничего не подозревали.
К тому времени СССР и Куба уже заключили соглашение о военном сотрудничестве. Москва поставила кубинцам танки, зенитные ракеты, артиллерию, стрелковое оружие, нефть, прислала военных советников и военных инженеров. Но появление стартовых позиций советских ракет стало для ЦРУ полной неожиданностью. Президенту Кеннеди доложили только 16 октября утром.
В принципе, история Соединённых Штатов могла бы закончиться в сентябре 1962 года. Изделие Р-14 летело до Вашингтона и Нью-Йорка с территории Кубы менее чем 10 минут. Суммарная мощность всех боеголовок — более 2 тысяч Хиросим. Но, разумеется, политическое и военное руководство США тщательно разработало протоколы действий в том числе и на случай внезапной и мгновенной атаки. Существовали дублирующие системы управления, удалённые штабы, подземные бункеры в труднодоступных местах и т. д. Так что ответный удар по территории СССР был бы нанесён даже в том случае, если бы Белый дом и Пентагон превратились в радиоактивный пепел.
Но удар советских ракет по США не был целью Хрущёва.
Президента Кеннеди информировали о советских стратегических ракетах на Кубе, но он ещё не знал, что они несут ядерные заряды. Поэтому на первых экстренных совещаниях в Белом доме речь шла о нанесении решительного бомбового удара по стартовым позициям.
Интересно здесь сравнить разницу подходов. Хрущёв узнал об установке американских ракет в турецком Измире в начале 1962 года. План ответной акции согласовали только в конце мая, через три месяца.
Американская же администрация, во главе с Кеннеди, решила бомбить стартовые площадки советских ракет на Кубе уже через два дня после того, как узнала об их существовании.