В тот же день Хрущёв решил сам лететь в Новочеркасск. Он опасался, что беспорядки перекинутся на соседние города, 700-тысячный Донецк и миллионный Ростов. Но Хрущева отговорили, и он решил отправить едва не половину Президиума ЦК КПСС: 1-го зампреда Совмина СССР Анастаса Микояна, секретарей ЦК КПСС Фрола Козлова, Александра Шелепина и Леонида Ильичёва, 1-го зампреда Бюро ЦК КПСС по РСФСР Андрея Кириленко, председателя Совмина РСФСР Дмитрия Полянского, 1-го зампреда КГБ при Совмине СССР генерал-полковника Петра Ивашутина. Этот внушительный десант возглавили наиболее опытные, авторитетные Микоян и Козлов.
Микоян стал возражать: он считал, что ехать должен кто-то один — либо он, либо Козлов. Один человек должен был взять на себя полное руководство и потом единолично нести ответственность за принятые решения. Нет сомнений, что Микоян не хотел действовать в паре со своим недругом Козловым, таким же грубым и авторитарным руководителем, как и сам Хрущёв. Было ясно, что Козлов — открытый фаворит Хрущёва — будет тянуть одеяло на себя, а Микояна отодвигать (так и вышло). Кроме того, Хрущёв знал, что преданный ему Козлов его прикроет.
Фрол Козлов находился на подъёме, был относительно молод — 53 года, его перспективы выглядели сияющими. В июне 1959 года Хрущёв встречался с американским послом Гарриманом и прямо сказал, что Козлов будет новым руководителем страны. Гарриман незамедлительно сообщил в Вашингтон. В том же июне 1959 года журнал
На следующий день, 2 июня, все прилетели в Новочеркасск.
Однако Деркачёв утверждает, что первым прибыл Кириленко, и не 2-го, а 1 июня вечером, и тогда же имел разговор с генералом Плиевым и заявил, что армия будет наводить порядок. В ответ Плиев сказал, что не будет сталкивать армию с народом.
Все прилетевшие из Москвы разместились в военном гарнизоне.
Второго июня протестующих было уже более 10 тысяч. Микоян выступил по радио, призвал всех успокоиться. Его речь записали на магнитофонную плёнку и транслировали 2 и 3 июня. Использовали и уличные громкоговорители.
Тем временем восставшие решили собираться в центре города; зачинщики призывали захватывать здание горкома и, главное, громить отделения милиции: в этом случае в их руки попало бы огнестрельное оружие. Всё руководство города выехало и укрылось в военных гарнизонах. В агрессивно настроенную толпу были внедрены сотрудники КГБ, они вели наблюдение, выявляли зачинщиков, устанавливали их фамилии.
Исса Плиев решил выдвинуть танки и перегородить мост через реку Тузлов, чтобы помешать толпе выйти в центр города. Он отдал приказ своему заместителю Матвею Шапошникову, тот ответил: «Не вижу перед собой противника, которого следует останавливать танками». Шапошников также утверждает, что 2 июня в гарнизоне танковой дивизии имел разговор с Микояном и Козловым и сказал, что вмешательство армии приведёт к жертвам, но Козлов его грубо оборвал. По словам генерала, Козлов сообщил, что Плиев уже получил все необходимые указания. От кого исходило это «прямое указание», осталось неизвестным. Согласно Конституции СССР, армия не могла воевать с собственным народом. Деркачёв пишет: «Приказ о разгоне демонстрантов отдала Москва».
Далее, остаётся невыясненным, был ли этот приказ отдан устно либо письменно? Исса Плиев — боевой генерал, воевавший в Европе и на Дальнем Востоке, дважды Герой Советского Союза, с 1961 года — кандидат в члены ЦК, вполне мог, а возможно, должен был потребовать письменного подтверждения. Нельзя забывать о субординации, твёрдо соблюдаемой и в руководстве КПСС, и тем более в Вооружённых силах. Вышестоящим ответственным лицом был Фрол Козлов, в отличие от Микояна, не только член Президиума, но и секретарь ЦК. Но и Козлов имел голову на плечах. Микоян пишет, что Козлов не отходил от телефона, то есть находился на прямой связи с Хрущёвым, докладывая ему и в ответ получая указания. Все версии сводятся к тому, что решение принял Хрущёв, отдал приказ устно по телефону Козлову, а тот так же устно передал приказ Плиеву. Возможно, Плиев потребовал письменного подтверждения и получил его, но об этом знали только Козлов и Плиев.
Оба генерала — и Плиев, и Шапошников — резко возражали против применения оружия и были правы: по закону за такое им грозил трибунал и расстрел. Танки вышли без боекомплекта. Расчёт был на то, что демонстрация военной силы успокоит протестующих, но толпа пошла через реку вброд, многие просто перелезли через танки.