Договорившись, тут же они расселись по машинам и поехали в Кунцево к Сталину. Он не ждал гостей. Его застали в столовой сидящим в кресле. Увидев вошедших, он занервничал. «У меня не было сомнений, — пишет Микоян, — он решил, что мы приехали его арестовать». Разговор начал Молотов, изложил идею создания ГКО. Сталин — во главе. Дальше вступил Берия, выдвинул кандидатуры: Молотов, Маленков, Ворошилов и он, Берия. Сталин предложил включить также Микояна и Вознесенского. 1 июля постановление о создании ГКО опубликовали официально, в газетах.
Поделили сферы ответственности: Вознесенский — вооружение и боеприпасы, Маленков — авиационная промышленность, Молотов — танки, Берия — охрана порядка и борьба с дезертирами. Интересно, что давний и самый преданный «железный нарком» Каганович в этих событиях не участвовал. Позже он, как специалист по железным дорогам и вообще транспорту, возглавил Совет по эвакуации. «Ближний круг» тогда составили Молотов, Маленков, Берия, Микоян; они, вместе со Сталиным, образовали внутри ГКО «оперативную пятёрку», которая решала все проблемы и принимала все решения. Микоян при этом не сразу стал полноправным членом ГКО, сначала был «уполномоченным ГКО с расширенными правами», то есть находился в подчинённом положении по отношению к Ворошилову, Берия, Молотову и Маленкову. Так события выглядят в изложении самого Микояна: единственного очевидца событий, оставившего письменные свидетельства.
Однако биограф Сталина, историк Олег Хлевнюк раздобыл в архиве изначальную машинописную диктовку Микояна, то есть рукопись его книги, и обнаружил, что в этом месте в тексте сделаны позднейшие вставки. В том числе и вся история с «напуганным» Сталиным, «вжавшимся в кресло» и «решившим, что его сейчас арестуют» также инкорпорирована в изначальный текст.
Книгу Анастаса Ивановича — она писалась фактически десять лет, с конца 1960-х по конец 1970-х, — записывала и печатала, под диктовку автора, стенографист Нина Кадоло (о ней мы далее ещё поговорим), но после смерти Микояна правку текста и подготовку к публикации делал младший сын, Серго. Кто именно сделал позднейшие вставки в диктовки автора — осталось неизвестным. Это мог сделать и сам Анастас Иванович, вспомнивший нечто важное, когда текст уже был готов; это мог сделать Серго Анастасович со слов отца. Он, мягко сказать, никаких тёплых чувств к товарищу Сталину не испытывал: в 1943 году шесть месяцев просидел в Лубянской тюрьме по делу «кремлёвских детей» и потом год пробыл в ссылке в Душанбе. Однако прямых доказательств, что именно он вставил в рукопись отца эпизод с «напуганным Сталиным» — нет.
Другой авторитетный биограф Сталина, Святослав Рыбас, в своей книге излагает те же события так, как они описаны у Микояна, но утверждает, что идея создания ГКО исходила от Молотова, а не от Берии.
С началом войны Микоян руководил шестью наркоматами — внутренней торговли, внешней торговли, заготовок, мясомолочной и рыбной промышленности, морского флота, речного флота, — в также Главным управлением Севморпути. 3 июля 1941 года Сталин назначил его уполномоченным ГКО по вопросам снабжения армии продовольствием, горючим, обозно-вещевым имуществом и артиллерийскими боеприпасами. Правой рукой Микояна стал главный интендант Красной армии генерал-лейтенант Андрей Хрулёв. Микоян отзывается о нём с большим уважением.
Первого августа было создано Главное управление тыла РККА: единая структура, не зависимая от Генерального штаба, подчинённая лишь наркому обороны СССР. Это было правильное организационное решение: теперь бензин и снаряды доставлялись на передовую по разнарядкам, составленным в Наркомате обороны, а не по приказам генералов — ведь каждый командир хочет, чтобы его подразделение обеспечивалось как можно лучше.