Принадлежность к аристократии по рождению подразумевала обычное порабощение, так как более совершенные члены общества должны править менее совершенными. Знакомый афоризм Аристотеля в интерпретации Сепульведы стал мандатом для цивилизованных народов подчинять силой оружия, если другие средства были невозможны, те народы, «которые требуют по своей собственной природе и в своих собственных интересах, чтобы их поместили под власть цивилизованных и добродетельных властителей и народов, дабы они могли почерпнуть из мощи, мудрости и закона своих завоевателей лучшую мораль, более достойные обычаи и более цивилизованный образ жизни». Сепульведа был слишком сдержанным полемистом, чтобы адресовать индейцам такой набор оскорблений, который использовал Овьедо, но он утверждал, что индейцы живут, нарушая естественное право, и указывал на их неспособность отразить вторжение испанцев как доказательство их более низкого развития и необходимости сильного и мудрого правления для их же блага. Из вышеизложенного он, возможно, сделал бы выводы о сугубо светском праве испанцев на правление индейцами в Новом Свете, но такого намерения у него не было. Распространение христианской веры ему казалось таким же священным долгом, как и всем его современникам, и, хотя его богословские аргументы были логически лишними в общем развитии его мысли, в них не было противоречий.
Поэтому, в отличие от Витории, у Сепульведы не было щепетильных сомнений в отношении справедливости войны, которую его соотечественники начали против американских индейцев. Существовало четыре главных права, позволяющие одному народу начать справедливую войну: естественное право ответить силой на силу; возвращение себе владений, отнятых несправедливо; необходимость наказать преступников, не наказанных своими собственными правителями (так как все люди были соседями и несли взаимную ответственность друг за друга); долг подчинить себе варварские народы силой, если они отказываются подчиняться добровольно правлению более высокоразвитого народа. Это последнее право, в свою очередь, зависело от четырех причин: природного рабского характера варваров и вытекающей из этого потребности в цивилизованных хозяевах; их привычных преступлений против естественного права; положения подданных правителей-варваров, которые были жертвами угнетения, несправедливой войны, рабства и человеческих жертвоприношений; и обязанности создать условия для мирного проповедования Евангелия. Все христиане и цивилизованные народы пользовались этими правами и несли эти обязанности. Особые права и обязанности Испании в Новом Свете вытекали из трех причин: естественного превосходства испанцев над другими христианскими народами; права первооткрывателей оккупировать земли, у которых не было законного правителя; и указа папы римского как духовного поручения обратить язычников в христиан и временного дара юридически незанятых территорий.
Справедливая завоевательная война дала индейцам не только блага цивилизации и истинную религию, но и экономические преимущества. Испанцы завезли в Новый Свет вьючных животных, открыли рудники и научили индейцев прибыльным методам ведения сельского хозяйства. Конечно, в этом процессе они и сами извлекали для себя пользу, хотя Сепульведа очень резко высказался о завоевателях, которых вдохновляла