Прицельно-навигационный комплекс ПрНК-35 разработки Раменского приборостроительного КБ (РПКБ) включает современные системы инерциальной и спутниковой навигации. Для самолета, который будет предложен на тендер ВВС Индии, планируется включение в состав навигационного и связного оборудования систем как российского, так французского и индийского производства (продукция французских фирм «Сажем» или «Талес», индийских HAL и «Бхарат»). По компоновке информационно-управляющего поля кабины экипажа МиГ-35 в целом соответствует корабельным истребителям МиГ-29К/КУБ: в распоряжении пилота одноместного самолета имеется три широкоформатных многофункциональных цветных ЖКИ размером 6х8 дюймов (диагональ 10 дюймов) и широкоугольный индикатор на фоне лобового стекла; в задней кабине «спарки» размещается четыре таких же ЖКИ. При этом характеристики системы индикации самолета МиГ-35 – разрешение и быстродействие – будут выше (разрешение индикаторов МФИ-10-7, применяемых на МиГ-29К/КУБ, составляет 1024х768 пикселей).
Бортовой комплекс обороны состоит из станции предупреждения об облучении (радиотехнической разведки) типа Л-150, станций обнаружения атакующих ракет (СОАР) и лазерного облучения (СОЛО), станций активных радиоэлектронных помех типа САП-518 или КС-418 и устройства отстрела пассивных помех. Антенны СРТР Л-150 (разработка омского ЦКБ «Автоматика») размещаются на самолете МиГ-35 в законцовках крыла и вертикального оперения. Датчики СОАР (разработка НИИПП) установлены в верхней части фюзеляжа за кабиной экипажа и в конформном контейнере под левым воздушным каналом двигателя, а СОЛО (эту систему также разработал НИИПП) – на торцах законцовок консолей крыла. Станция активных помех, созданная
Калужским научно-исследовательским радиотехническим институтом (КНИРТИ) размещается как внутри фюзеляжа (блоки высокочастотного диапазона) с антеннами в наплывах крыла и хвостовой части самолета, так и в подвесном контейнере под левой консолью крыла (блоки средних частот).