Вскоре под Киев, который находился под началом воеводы Шереметева, пришел брат гетмана Данила Выговский с сильным войском из 20 тысяч казаков и татар. У киевского воеводы-боярина Шереметева войска было в четыре раза меньше, всего около пяти тысяч. Однако попытка взять Киев окончилась полной неудачей: полки Шереметева не только отбили слабые приступы, но захватили знамена, орудия и часть обоза. Сам Данила Выговский едва-едва ушел от неуступчивого русского воеводы, он с трудом оторвался от преследователей и переправился через Днепр на другой берег на одной из немногих уцелевших лодок. Все пленные казаки были отпущены воеводой-победителем: не только из-за стремления подобным милосердием поколебать остальных воинов, но из-за явного выявленного отказа пленных казаков следовать за своим гетманом-изменником.
Решительное, успешное сражение для царских войск под Киевом, на какое-то время приостановило дальнейшие военные действия на новом этапе русско-польской войны. Началась ожесточенная борьба гетманских универсалов и царских грамот за души православного населения. Но если в начале выступления Выговскому удалось заручиться поддержкой казаков, то теперь он все чаще сталкивался с осуждением. От него отреклась даже часть старшины, некогда горячо приветствовавшая Гадячский договор. Переяславльский полковник Тимофей Цецура повел переговоры с Шереметевым о возвращении Войска в московское подданство.
Не чувствуя себя в безопасности даже в собственной столице, гетман Выговский, чувствуя ускользающее гетманство, поспешил к Белой Церкви, где с отрядом поляков стоял Андрей Потоцкий и брат гетмана Данила. Вскоре рядом с наставником-гетманом, в Германовке, появился преемник «батьки Хмеля» Юрий Хмельницкий. Шурин Богдана Хмельницкого, Яким Симко рассчитывая сам сделаться гетманом, созвал казацкую раду у местечка Германовка, которая низложила Выговского. Но казаки хотели видеть гетманом 17-летнего Юрия. Одно его имя завораживало казаков, воспринималось как символ прежних воинских удач и казацкого могущества. К Юрию Хмельницкому потянулись нескончаемой вереницей казацкие полки. Казаки потребовали от выходящего в тираж временного гетмана Выготского выдачу гетманских символов власти и знаков отличия. Бунчук и булаву на круг привез Данила Выговский – с непременным условием, что Запорожское войско останется верным польскому королю.
Гетманские знаки передали сыну Богдана Хмельницкого, Юрию. Казаки застыли в ожидании: мало ли, что требовали от гетмана Юрия Выговские. Тот должен сам лично принять решение – только какое? Но только Юрий Хмельницкий был совсем не той фигурой, которая могла объединить и повести за собой казачество. Наверх его вынесла воинская слава и авторитет «Грозного батьки Хмеля». Это придавало ему вес, но не заменяло ни таланта, ни воли, ни опыта, без чего нельзя было обойтись в дальнейшем. Он взял ношу не по себе. И быстро превратился в марионетку в руках казацкой старшины.
Важные перемены, происходившие на Украине, не сразу становились известны в Москве и в приграничных городах, где стояли воеводы. В конце августа князь-воевода Трубецкой намеревался двинуться к Севску, старому допереяславльскому рубежу. Это показательно: в Москве, по крайней мере, на тот момент, считали, что большинство малороссийских городов потеряны и отражать Выговского и татар следует на старых, привычных рубежах. Трубецкой уже выступил из Путивля, когда прискакали гонцы от сторонников Московского царя нежинского протопопа Максима и полковника Василия Золотаренко с известием о падении Выговского и настоятельной просьбой скорее двинуться на Украину, подкрепить сторонников московского государя.
Просьба была уважена. Полки повернули к границе. В октябре 1659-го в Переяславль, где остановился Трубецкой, прибыл прилуцкий полковник Петр Дорошенко с 14-ю статьями о правах и вольностях, по которым Войско изъявляло согласие вернуться в царское подданство. Эти статьи заметно отличались от прежних, заключенных Богданом Хмельницким. Смысл задуманного старшиной был понятен: расширение власти гетмана и старшины, рамок автономии. Легко угадывалось и средство достижения этих целей – угроза переметнуться на противоположную сторону, маневрирование между тремя могущественными силами – Москвой, Польско-Литовским государством и Крымским ханством, за спиной которого зримо вырисовывался грозный облик воинственной Турции. Договор предусматривал: царские воеводы должны стоять только в Киеве; казацкий гетман сносится со всеми государствами, отсылая в Москву лишь копии заключенных договоров; Киевская митрополия остается по-прежнему зависимой от Константинопольского, а не Московского патриарха; в Москве, не должны принимать ни одной грамоты с Украины без подписи гетмана.