По словам Олега, отдельные технические и даже геймплейные элементы S.T.A.L.K.E.R. продвигались очень бодро, но «слепить из этого игру никак не получалось». В некоторых важных нюансах просто не хватало экспертизы: «Уровни были огромными, их нужно было как-то наполнить, сделать квесты. Одной из главных фишек был искусственный интеллект, управляющий поведением окружающего мира, – и он претерпел несколько очень серьезных итераций, когда делали-делали-делали, условно, год, потом посмотрели – нет, говно, выкидываем, по-новой давай. Эта концепция в процессе рождалась, переделывалась, убивалась и снова рождалась». Игра довольно быстро начала требовать компромиссов, впрямую противоречащих ранним обещаниям разработчиков. «Пришлось уменьшить уровни, вырезать оттуда машинки; никто, конечно же, не мог пройти сюжет раньше игрока, потому что это [изначально был] трэш». Потом к процессу подключился издатель, продолживший загонять мечту разработчиков в пустыню реальности. «У нас был целый тендер, году в 2002-м это было. В 2001-м мы показали первый ролик с курицами, а в 2002-м уже была картинка с Чернобылем, уже можно было побегать-пострелять, и мы начали продавать это издателям, возить [техническую демоверсию] по выставкам. На тот момент было достаточно много желающих, включая Ubosift и Atari, но мы выбрали лучшее предложение, которое сделала THQ. Позже, когда начались нестыковки и проблемы, они начали вмешиваться; я так понимаю, они уже сами не верили, что мы ее доделаем. Прислали нам товарища, который помогал резать и, скажем так, финализировать».
Игра начала кровоточить и терять важные (или казавшиеся важными) органы. Яворский: «По моим подсчетам, игру делали порядка семи лет с момента анонса. В какой-то момент уже никто не верил и не рассчитывал, что мы ее сделаем. Сроки выхода сдвигались два или три раза, сначала [S.T.A.L.K.E.R.] должна была выйти в 2003-м, потом в 2004-м, вышла в итоге в марте 2007 году. Там уже заканчивались деньги, были проблемы с финансированием, трудное общение с издателем, – в последние года полтора [THQ] прислала из Америки своего продюсера к нам в офис. Во-первых, он транслировал им происходящее [в студии], а во-вторых, пытался обуздать всю команду, чтобы мы могли наконец закончить все это, а не продолжать раздувать. В конце концов пришли к тому, что нужно просто часть отрезать, поставить точку и просто довести до ума то, что уже сделано. Примерно за год до релиза мы просто остановили разработку и начали заниматься [опитимизацией] и тестированием. Последние полгода были довольно тяжкими в этом смысле».
Примерно в это время, в конце 2006 – начале 2007 года, часть работавшей над S.T.A.L.K.E.R. команды ушла и основала собственную студию 4A Games, начавшую разрабатывать… Тоже S.T.A.L.K.E.R., только по роману Дмитрия Глуховского «Метро 2033». Ушедшие учли ошибки молодости: в «Метро» не было бесшовного открытого мира (некое подобие его появилось только в третьей игре серии, недавней Metro: Exodus), закадровой жизни экосистемы и других излишне амбициозных решений, зато были модификации оружия, управляемые дрезины и, самое главное, атмосфера постсоветского постапокалипсиса, из которой S.T.A.L.K.E.R. состоял процентов на 80. До «Metro 2033» и ее сиквелов, впрочем, на момент описываемых событий было далеко, а GSC предстояло мириться с новой реальностью и без того затянутой и мучительной разработки своей исходной игры. Яворский вспоминает: «Фактически, S.T.A.L.K.E.R. доделывали уже без ведущих программистов, некоторых художников и других ключевых людей. Это еще усложнило задачу для оставшихся. За семь лет мы все уже порядком истощились и понимали: теперь либо взлетит, либо вообще провалится». Впрямую он этого не говорит, но очевидно: провал S.T.A.L.K.E.R. гарантированно утянул бы на дно всю студию. Это была классическая ситуация «пан или пропал». Олег: «Как будет, вообще никто не мог ничего сказать. При этом ожидания от игры были бешеные; в какой-то момент из-за того, что игра постоянно переносилась, игроки нас стали просто ненавидеть».