В эпоху ранней бронзы, точнее в IV–III тысячелетиях до н. э., трепанации были, как правило, прижизненными и выполнялись скребком. Большинство перфорированных черепов найдены в нижнем течении Дона. Для этого периода характерна локализация отверстий на теменных и затылочных костях. Максимальная величина отверстий достигает 50 мм, это по сравнению с некоторыми центрально-европейскими синхронными образцами совсем небольшие отверстия. В эпоху средней бронзы, точнее в первой половине II тысячелетия до н. э., трепанации часто проводились в затылочной области. Большинство операций, несомненно, были сделаны при жизни. Есть доказательства существования в этот период трепанационной практики и среди населения Нижнего и Среднего Поволжья. Некоторые черепа перфорированы неоднократно в области теменных и затылочной кости.
В междуречье Ветлуги и Унжи население раннего железного века изготавливало амулеты-подвески из человеческих костей, в том числе и черепных.
О существовании мощного центра посмертного трепанирования черепов в Южной Сибири было известно уже давно. Однако неожиданным результатом работ последних лет стали данные о разнообразии форм этого трепанирования и о сочетании прижизненных операций с посмертными процедурами, характерными для погребального обряда. Эпохальный вектор подобного сочетания прижизненных и посмертных трепанаций направлен из Северо-Западной Монголии через Туву в Минусинскую котловину.
Включение в научный оборот все новых материалов с территории Алтая (в том числе из казахстанской его части), из Западной Сибири позволяют говорить об устойчивом феномене трепанирования черепов, характерном для огромного пласта кочевых скотоводческих культур середины и конца раннего железного века. Этнические и культурные связи этого населения всегда были предметом обсуждения антропологов. Вполне допустимо, что по распространению различных техник перфораций черепа можно проследить контакты и миграции степных народов. Вместе с тем спорадические находки на территории Центральной Азии и Восточного Туркестана свидетельствуют о том, что местное население проводило трепанации черепов еще до эпох энеолита и бронзы.
В Раннем Средневековье центр операций на черепе вновь переместился в европейскую часть России: на Среднюю Волгу, Средний Дон и на Северный Кавказ – в Дагестан и Осетию. Большинство операций, датируемых VII–IX вв., относятся к разновидности прижизненной символической трепанации. Несколько позже, после так называемого периода завоевания, символические трепанации в массовом порядке распространяются в средневековой Венгрии и Болгарии. Можно смело утверждать, что символические трепанации являются специфическим индикатором Великого переселения народов, охватившего в I тысячелетии огромные массы людей. Начавшись в северной части Китая и закончившись тысячу лет спустя в Европе, это движение привело к образованию новых этнокультурных общностей на всем евразийском континенте. Тем более примечательно распространение в этот период техники трепанирования с востока на запад, отражающее общность духовной жизни кочевых племен и пути миграций.
Трепанационные знания и умения распространялись вместе с артефактами материальной культуры. При общей оценке причин для проведения трепанирования магические аспекты доминируют, по крайней мере, на территории Восточной Европы и Азии.
Касаясь вопроса о происхождении и распространении трепанационного феномена в пределах евразийского континента, нельзя не отметить, что сложившиеся представления об основных очагах краниотомии и их первичности нуждаются в коррекции.
Сейчас мало кто сомневается в наибольшей древности приднепровского мезолитического трепанационного очага. Неолитические трепанации с юга Франции теперь не могут считаться исключительным явлением в ту эпоху. Практика прижизненных и посмертных манипуляций с телом была значительно шире и охватывала в эпоху неолита горные районы Испании и Португалии, где, по-видимому, была рядовым явлением. Недостаток сведений с азиатской части континента долгое время заставлял исследователей объяснять распространение трепанаций в этом регионе инокультурным воздействием, связанным, к примеру, с арабским влиянием. Однако сложная погребальная обрядность и манипуляции с головой умершего на Ближнем Востоке, энеолитические и относящиеся к эпохе бронзы случаи прижизненного и посмертного трепанирования в северных провинциях Китая и в Южной Сибири доказывают глубокую древность азиатского трепанационного очага.
Сегодня заслуживают внимания моноцентрическая и полицентрическая гипотезы, объясняющие появление трепанирования.
После картирования 168 случаев трепанаций Г. Ульрих выделил в качестве первичного очага распространения трепанаций неолитические мегалиты на юге Франции в департаменте Лозеры.