Соединения с ароматическим кольцом – например, ванилин – обычно синтезируются в растениях посредством пути шикимовой кислоты из эритрозо-4-фосфата и фосфоенолпирувата. Образование продуктов этого пути сопровождается соответствующим истощением 13C по сравнению с основными растительными продуктами − углеводами.
Эти углеводы производятся в процессе фотосинтеза растений с использованием CO2 и воды. Первичный этап катализируется ферментативно, при этом 13CO2 реагирует несколько медленнее, чем 12CO2. Это явление получило название «кинетический изотопный эффект».
Однако, дефицит 13C не одинаков для всех растений.
Для растений известны три основных фотосинтетических пути фиксации CO2: C3, C4 и CAM. Так называемые растения C3 (например, пшеница, ячмень, сахарная свекла и большинство деревьев) используют реакцию рибулозабисфосфат-карбоксилазы, путь Кальвина, в то время как растения C4 (например, сахарный тростник, кукуруза, сорго и просо) используют фосфоенолпируват-карбоксилазную реакцию, путь Хетча-Слэка.
Изменения в соотношении изотопов, вызванные этими эффектами, очень малы. Потому их не указывают в атомной шкале. Эти минимальные изменения сравниваются со значениями международных стандартов и выражаются в промилле (‰), как отклонение от стандартного, так называемого, дельта-значения (Schmidt, 2003):
δ13C (‰) = (([ 13Csample ]/[ 12Csample ])/([ 13Cstandard ]/[ 12Cstandard ]) − 1) × 1000
Стандартным соотношением 13C/12C является δ13C: V-PDB (Vienna-PeeDee Belemnite). Анализ значений δ13C для растений C3 (так называемые «легкие растения») дает значения от −30 ‰ до −24 ‰, для растений C4 (так называемые «тяжелые растения») от −16 ‰ до −10 ‰. CAM-растения имеют значения δ13C от −10 ‰ до −30 ‰, что очень затрудняет дифференциацию от двух других типов.
Подтверждение подлинности ароматизирующих веществ путем определения их среднего значения δ13C подразумевает сжигание очищенных органических образцов при температуре около 1000°C для преобразования их в CO2. Онлайн-соединение газовой хроматографии и МССИ через интерфейс сжигания уменьшило количество проб и упростило измерения. Позже была разработана интерактивная связь газовой хроматографии и МССИ через интерфейс пиролиза (около 1300°C), в первую очередь для анализа 18O, что позволило одновременно измерять в режиме онлайн значения δ18O и δ13C. Этот интерфейс также позволяет определять δ2H пиролизом при температуре около 1450°C. Хенер (Hener et al. 1998) сравнил значения δ13C различных образцов ванилина, измеренные через CO2 и CO, и показал, что значения в большинстве случаев хорошо согласуются. В настоящее время для определения используется в основном онлайн-соединение газовой хроматографии с сжиганием или восстановительным пиролизом с масс-спектрометрией соотношения изотопов (ГХ-С-МССИ или ГХ-П-МССИ) для определения значений δ углерода 13C, водорода 2H и кислорода 18O.
Помимо экстракции из ванильных стручков, ванилин также можно получать химическим синтезом или биотехнологическими путями из различных источников (лигнин, гваякол, эвгенол, куркумин и феруловая кислота).