К 10 февраля, когда письма и посланников к королю Мануэлу благополучно переправили на борт, дела да Гамы в Кочине были завершены. Он планировал один последний раз заглянуть в Каннанур и отплыть домой. Адмирал считал, что если бы удалось заключить сходный пакт с колаттири, он мог бы окружить упрямого заморина врагами и, если потребуется, столкнуть между собой своих новых союзников. Но не успел он отплыть, как с севера пришли тревожные известия. Заморин сумел оправиться, собрать новый боевой флот, и на сей раз он решил раз и навсегда избавиться от жестоких и неотесанных португальцев.
В холодной ярости да Гама приготовился к финальной битве. Он планировал выманить врага и спровоцировать его на атаку до того, как тот закончит приготовления. Подняв все паруса, адмирал и его дядя Висенте со всей возможной скоростью направились на север, а дом Луиш Коутиньо обошел оставшиеся корабли на шлюпке, приказывая капитанам следовать за ними на расстоянии.
Два дня спустя, когда караван Коутиньо осторожно подошел на расстояние пяти-шести лиг к Каликуту, дозорные увидели гигантскую армаду арабских дхоу, надвигающуюся на них с севера. Лопеш насчитал 32 судна, фламандский матрос – 35, португальский моряк – 36, Маттео да Бергамо – 38. Учитывая, что каждое дхоу могло поднять на борт до 500 человек, они были гораздо больше кораблей, нападавших на европейцев прежде, и гораздо больше любого португальского корабля. Да Гама выманил их, но не было никаких признаков того, что он застал их врасплох. Португальцы шли в крутой бейдевинд и продвигались медленно. Мусульманам ветер был попутный, и они шли под всеми парусами. Они надвигались быстро, и когда европейцы бросились занимать боевые позиции, бриз донес до них зловещий ритм, выбиваемый на больших арабских барабанах.
На португальских кораблях поднялся крик. От города к ним направлялся рой самбуков и длинных гребных лодок, все они были вооружены, и небольшие пушки с них уже стреляли. Люди да Гамы поспешили открыть ответный огонь, но лодки все подходили. Индусы научились двигаться вперед, пока не пройдут зону обстрела европейских пушек; так они могли воспользоваться преимуществом в численности в рукопашном бою. Очень скоро легкие быстроходные лодки достигли флота и засновали между кораблями, выпуская тучи стрел.
Португальские корабли были тяжело нагружены и в плохом состоянии. Когда рулевые налегали на румпели, суда плохо слушались, и понемногу их разнесло в стороны: одни в море, других к суше. Еще более запутывало ситуацию то, что за ними следовало два торговых судна Кочина. Ход у них был еще медленнее, и лодки заморина избрали их своей мишенью, стараясь потопить первыми. Оба корабля принадлежали мусульманам, но да Гама решил не жертвовать ими из страха поставить под угрозу договор, который только что заключил с раджой. По его настоятельному сигналу флот медленно перегруппировался вокруг них.
Положение было серьезным, но у европейцев оставалось одно крупное преимущество: их тяжелые орудия все еще превосходили огневой мощью все, что имелось в распоряжении противника. К тому времени арабский флот подошел на расстояние выстрела, и португальский корабль, находящийся к морю дальше остальных, открыл огонь. Канониры добились нескольких прямых попаданий, и дхоу чуть отошли к Каликуту. Почти сразу же ветер упал, и европейцы оказались неспособны вести преследование.
Да Гама рявкнул новые приказы. Невзирая на то что индусы продолжали стрелять, матросы спустили шлюпки, привязали к носам кораблей и налегли на весла, чтобы потащить весь целиком флот вдоль побережья. Через несколько мучительных часов они поравнялись с Каликутом, где вступили в бой. Лавины ядер врезались в борта арабских кораблей, которые врассыпную отошли к городу.
Две каравеллы поставили длинные весла и отправились в погоню за арабским флагманом. Внезапный порыв ветра погнал легкие, недавно просмоленные дхоу к берегу, а тяжело груженные каравеллы пыхтели следом, не переставая палить из всех орудий. Арабский флагман оказал отчаянное сопротивление, открыв ответный огонь, и каравеллам пришлось сохранять дистанцию. На каждой из них осталось не более двух десятков человек в целом, и противник сильно превосходил их числом.
Наконец в гавань медленно вошел крупный португальский корабль. Когда с него бросили абордажные крючья на арабское судно, другой арабский корабль врезался ему в бок. Матросы-мусульмане попрыгали за борт и поплыли к берегу. Христиане погнались за ними на шлюпках, бросая в них дротики и пронзая копьями в воде; согласно Томе Лопешу, только сотне человек удалось ускользнуть и спасти свои жизни.