Подобные акты насилия указывали на то, что радикальные идеи, движущие мусульманскими боевиками, такими как бен Ладен, угрожают людям в западных странах, включая Соединенные Штаты. Было также очевидно, что многие люди, преданные "Аль-Каиде", местным террористическим ячейкам, разбросанным по всему миру, и антиеврейским группировкам, таким как ХАМАС и "Хезболла", являются фанатиками. В отличие от убийц-коммандос или подрывников, как, например, многие из тех, кто страдал в Испании и Северной Ирландии, некоторые из них были террористами-смертниками, считавшими убийство и самоубийство святым долгом. Некоторые, в том числе подростки, казалось, были готовы взорвать себя вместе с детьми и другими людьми, оказавшимися на пути, чтобы выполнить приказ ревностного начальства, запечатлеться в памяти как мученики или воплотить в жизнь свои представления о славной загробной жизни.
Сотрудники американской разведки в конце 1990-х годов осознали, что Всемирный торговый центр в Нью-Йорке, взорванный в 1993 году, является одной из возможных целей, которые террористы могут попытаться поразить в Соединенных Штатах. К концу 1998 года они также знали, что радикальные мусульманские террористы рассматривают - наряду с множеством других идей - угон коммерческих самолетов и их столкновение со зданиями.93 В начале 1997 года ЦРУ рассматривало различные схемы захвата или убийства бин Ладена. Клинтон выступил с дипломатическими инициативами - с Саудовской Аравией, Пакистаном и Талибаном - с целью убедить талибов выдворить бин Ладена, чтобы его можно было захватить и предать суду.94 В начале 1998 года, после того как Саддам Хусейн начал изгонять инспекторов ООН по вооружениям, Клинтон усилил военное присутствие Америки в регионе Персидского залива для возможной войны с Ираком. Президент, которого за рубежом многие критиковали как разжигателя войны, сдался только тогда, когда Хусейн наконец разрешил инспекторам ООН по вооружениям пройти в его дворцы.
После взрывов в Кении и Танзании в 1998 году Клинтон санкционировал ответные удары крылатыми ракетами по предполагаемому месту дислокации боевиков "Аль-Каиды" в Афганистане и по фармацевтическому заводу в Судане, который, как считалось, производил химическое оружие. В декабре 1998 года, когда Хусейн уже полностью прекратил инспекции вооружений ООН, Клинтон заявил, что Ирак разрабатывает оружие массового поражения. С 16 декабря американские и британские самолеты начали операцию "Лис пустыни", в рамках которой в течение четырех дней круглосуточно наносились авиаудары по иракским объектам. Англо-американские налеты возобновились в январе 1999 года и продолжались до вторжения Соединенных Штатов в Ирак в 2003 году.
Некоторые из этих рейдов были частью более широких усилий по борьбе с терроризмом во время второго срока Клинтона, когда Конгресс и исполнительная власть начали постепенно наращивать ресурсы, которым они позволили истощиться после окончания холодной войны. Хотя в последующие годы это стало источником энергичных пристрастных споров о том, увеличилось или уменьшилось финансирование борьбы с терроризмом в конце 1990-х годов, по одной из достоверных оценок можно сделать вывод, что ассигнования значительно увеличились - на 50 процентов (до 9,7 миллиарда долларов) в период между 1998 и 2001 финансовыми годами.95 Некоторые планы террористов, например так называемые заговоры тысячелетия с целью взрыва аэропорта Лос-Анджелеса и американских и израильских туристов в Иордании в январе 2000 года, были сорваны. Но ключом к раскрытию заговора в Лос-Анджелесе стал бдительный пограничник, а не разведданные из Вашингтона: В целом ни Клинтон, ни разведывательная бюрократия не преуспели в укреплении национальной безопасности.
Не желая рисковать американскими или афганскими оперативниками в попытках похитить бин Ладена, Клинтон также опасался, что его заклеймят "безумным подрывником".96 Поскольку он прекрасно знал о селективном запрете, наложенном Фордом на поддерживаемые правительством убийства в мирное время, он, очевидно, отказался одобрить такую попытку против бин Ладена.97 Он также не хотел портить отношения с богатым нефтью саудовским режимом, важным союзником на Ближнем Востоке, и не потребовал от саудовцев пресечь деятельность террористических групп, которые, как считалось, действовали в этом очаге радикального, антизападного недовольства.