Президент предпринял целенаправленные усилия, чтобы укрепить свой авторитет защитника окружающей среды - области политики, которую Гор, его вице-президент, считал предметом особой заботы. За время своего президентства он взял под федеральную охрану больше земель в сорока восьми штатах, чем любой другой президент двадцатого века.88 В 1997 году он подписал так называемый Киотский протокол, который призывал США и другие развитые страны к 2012 году сократить выбросы углекислого газа и других парниковых газов до 5,2 % по сравнению с уровнем 1990 года. В общей сложности 141 страна согласилась с этим протоколом к 2005 году. Поскольку протокол освобождал развивающиеся страны, такие как Китай, от сокращения выбросов, эта мера практически не имела поддержки в Конгрессе, и Клинтон так и не представил ее на утверждение Капитолийского холма. Протокол, не ратифицированный Соединенными Штатами (на долю которых приходилось 36 % мировых выбросов парникового типа) и Россией (17 %), так и не был введен в действие. Тем не менее, многие либералы были довольны тем, что Клинтон присоединился к этой работе.89
В 1997 году - и в течение всего оставшегося срока правления Клинтона - на политическом фоне маячила куда более значимая проблема: растущие угрозы терроризма. Хотя некоторые из этих угроз исходили от Северной Кореи, правительство которой подозревалось в нарушении заключенного в 1994 году с Соединенными Штатами соглашения о прекращении работ над ядерным оружием, наибольшую непосредственную опасность представляли воинственно настроенные против Запада мусульмане, особенно с Ближнего Востока.90 Значительная часть этой опасности, по мнению агентов американской разведки, исходила из Ирака, который оставался под жестоким правлением Саддама Хусейна, и из Ирана.
Все большее беспокойство Клинтона вызывали террористы, преданные Усаме бен Ладену, образованному и богатому уроженцу Саудовской Аравии, который был выслан из Судана в 1996 году после возможного участия в неудачном заговоре с целью убийства президента Египта Хосни Мубарака. В мае 1996 года бен Ладен укрылся в Афганистане, где вступил в союз с рьяно антизападным режимом талибов, установившим контроль над большей частью страны после вывода российских войск в 1989 году. Бен Ладен и его последователи, как и талибы, придерживались учения
Мусульманские священнослужители, чей идеологический посыл был глубоко враждебен практически всему, что связано с западной цивилизацией: ее космополитизму, секуляризму, материализму, чувственности, высокомерию, поддержке прав женщин и одержимости технологиями.91 Бен Ладен особенно ненавидел Соединенные Штаты, чьи солдаты в Саудовской Аравии, по его мнению, развращали культуру его родной земли - священной земли ислама - и чья военная мощь поддерживала презираемое еврейское государство Израиль.
Бен Ладен, которому помогали богатые спонсоры со всего региона Персидского залива, организовал террористическую сеть "Аль-Каида", которая активизировала вербовку и обучение радикальных мусульманских боевиков на базах в Афганистане. Хотя было трудно получить достоверную информацию об этой секретной и постоянно развивающейся организации, по приблизительным оценкам, в конце 1990-х годов число таких боевиков превышало 15 000 человек.92 В феврале 1998 года бин Ладен выступил с публичным призывом к священной войне - "Джихад против евреев и крестоносцев", - в котором заявил, что долг каждого мусульманина - убивать американцев и их союзников где угодно. В августе 1998 года грузовики с бомбами, изготовленные боевиками "Аль-Каиды", одновременно взорвали посольства Соединенных Штатов в Кении и Танзании. В результате взрывов погибло более 300 человек, большинство из которых были африканцами, и более 4 500 получили ранения. Среди погибших было двенадцать американцев. В октябре 2000 года два террориста-смертника из "Аль-Каиды" на надувной лодке, начиненной взрывчаткой, подошли к американскому военному кораблю "Коул", стоявшему на якоре в порту Аден в Йемене. Протаранив лодку, они устроили взрыв, который проделал дыру в борту военного корабля. В результате взрыва погибли семнадцать американских моряков и тридцать пять получили ранения.