Политика митрополита Алексея ставила ребром вопрос о великорусском характере митрополии, о превращении русской церкви в учреждение Великорусского государства. Но был он не московским митрополитом, а «Киевским и всея Руси». Национально-великорусское направление его деятельности придавало односторонне-политическое значение его иерархической власти над русскими епархиями Литовско-русского государства. Митрополия оказалась на безвыходном распутье. Неизбежным становилось ее разделение между двумя поместными церквями – великорусской и западнорусской. Великий князь Дмитрий Донской шел на это, по смерти Алексея, лишь бы сохранить в своих руках назначение кандидата на митрополичью кафедру и ее влияние в составе активных сил великокняжеской политики. Но значительная часть духовенства дорожила исконным единством митрополии. Это единство имело и свой, притом не малый, политический вес, как условие влияния Москвы на православные области западной Руси, особенно же на русские земли, колебавшиеся между Москвой и Литвой, в которой они искали опоры против московского засилья. Затяжная церковная смута, суть которой в борьбе за и против притязания московского великого князя избирать кандидата в митрополиты, за и против единства митрополии, кончилась победой этого единства и независимости митрополии от великокняжеской власти. Митрополиты Киприан и Фотий порвали с традициями Алексея, отделили свою политику от великокняжеской, поставили себя в положение митрополитов всей Руси, которые правят церковью, опираясь на высшую иерархическую власть константинопольского патриарха, а в делах мирских стремятся наладить приязненные отношения к светской власти обоих великих княжений – великорусского и литовского. Москва потеряла на время одну из существенных опор своих властных притязаний. А митрополия, с другой стороны, выступает в эти годы весьма требовательной защитницей своих мирских интересов и своего пастырского авторитета, перед которыми должен склониться великий князь, духовный сын отца своего, митрополита всея Руси.
Подчинение митрополии и всей церковной иерархии великокняжеской власти имело для последней огромное значение не только в сферах международных и межкняжеских отношений. Церковь была носительницей не только духовной, но и весьма значительной мирской общественной силы, благодаря крупным размерам землевладения церковных учреждений и их экономической роли, как единственного обладателя сравнительно крупного денежного капитала. Размеры церковного землевладения не поддаются сколь-нибудь точному учету. От середины XVI века – а за первую его половину едва ли можно предполагать особенно большой рост этого землевладения – имеем сообщение иноземца, будто монастырское землевладение охватило до трети всех земель Московской Руси. Можно признать, что такое глазомерное определение было сильно преувеличено, вероятно даже намеренно и тенденциозно, теми собеседниками из московского боярства, от которых получил свои сведения капитан Чанслор, передавший их автору рассказа о далекой Московии Клеменсу Адаму. Но если мы вспомним ряд благоприятных условий развития этого землевладения – крупные земельные вклады князей и вотчинников-бояр, хозяйственную энергию монастырей, их значение как первой на Руси капиталистической силы, широкие размеры льгот и пожалований в их пользу, острую тревогу, какую вызывает рост именно монастырского землевладения в московском правительстве и светском служилом обществе во времена Ивана III, а с другой стороны сравним сообщение Чанслора с обычным для позднего западно-европейского средневековья определением размеров церковного землевладения в 1/5, ¼ и даже 1/3 всех земель той или иной страны, - возможное преувеличение такой расценки не представится чрезмерным. Рядом с монастырским стоит землевладение епископских кафедр и крупное землевладение самой митрополии.
Положение этих земель в составе великорусского княжества было, по существу, тождественно с положением княжеского и боярского землевладения. Вотчины принадлежали отдельным церковным учреждениям, которые и были, в лицах своих начальных властей, полноправными их владельцами. Среди них митрополичьи вотчины составляли особую крупною единицу, и только этих вотчин касались грамоты и порядки, какими были обеспечены права и имущества митрополии. У других духовных вотчинников – епископов, игуменов – были свои, помимо митрополии, права, гарантии и грамоты. Это ставило их в прямые, непосредственные отношения к княжеской власти наряду со светскими крупными землевладельцами.