Глубоко были заложены во всем строе старорусской жизни основания подчинения Церкви носителю светской власти. Интересы внутренней и внешней политики великокняжеской власти и общее направление ее эволюции к полному едино и самодержавию настоятельно требовали всестороннего использования этих возможностей. Завершение национализации митрополии на великорусской почве, как учреждения в строе Московского государства, стало необходимым элементом строительной работы московских великих князей.
Княжение Василия Темного – время озлобленной и кровавой смуты, в которой рушились последние устои удельно-вотчинного строя, принесло Московской Руси по ликвидации пережитого кризиса образование той сильной великокняжеской власти, какую унаследовал Иван III, а также упразднение прежнего самостоятельного и самодовлеющего значения митрополии. По смерти митрополита Фотия (1431 г.) на митрополию наречен свой русский кандидат, епископ Иона. Но политические интересы Византийской империи, изнемогавшей под турецким напором, привели к поставлению на Русь митрополита Исидора, грека, который примкнул на Флорентийском соборе к унии с Римом. Его поездка в Италию, возвращение, низложение и бегство затянули на ряд лет прочное решение судеб Русской Церкви. Только в конце 1148 года в Москве решились на поставление Ионы собором великорусских епископов, хотя бы и ценой разрыва с Константинопольской патриархией. Иона явился завершителем деяний Петра и Алексея и стал, вслед за этими святителями, третьим святым московским митрополитом. Канонизацией их памяти Москва освящала национально-великорусские тенденции своей митрополии.
С этой поры преемство на митрополичьем престоле обходится, к немалому смущению местных строгих церковников, без обращения в Константинополь за патриаршим благословением. Вскоре даже появится в «обещательных грамотах» новопоставляемых епископов обязательство отнюдь не принимать на митрополию ставленников византийской патриархии. Преемство на московской кафедре определяется впредь либо благословением предшественником преемника, как Иона благословил Феодосия, Феодосий Филиппа, либо избранием кандидата на епископском соборе, а по существу выбором государя, князя великого, который возводит нареченного на митрополию по провозглашении и поставлении его собором епископов. Великорусская митрополия стоит перед светской властью без всякой внешней опоры и сходит на положение учреждения в составе Московского государства, влиятельного, но зависимого фактора великокняжеской политики, и живет местной великокняжеской жизнью, местными московскими интересами под властной рукой государя великого князя, опекуна русской церкви и вершителя ее судеб. Таким подчинением митрополии светской власти закончена была эволюция зависимости всего сложного строя и состава русской церкви от мирской правительственной силы. Верховная власть Великороссии, приняв царский титул, стала в то положение относительно церкви, какое сложилось для всего православного Востока на византийской почве.