При Иване III знаем только один пример крутой расправы великого князя с «высокоумием» бояр – казнь Стародубского-Ряполовского и насильственное пострижение в монахи князей Патрикеевых, отца и сына. С.М. Соловьев убедительно и метко связал эту расправу с придворной борьбой по вопросу о престолонаследии – быть ли преемником великого князя Ивана Васильевича его внуку Дмитрию или сыну Василию. О деле этом было уже упомянуто выше. Бояре-князья стояли за право на власть Дмитрия-внука, как первенца великого князя Ивана Ивановича, соправителя отцу великому князю Ивану III, против сына царевны Софьи, на стороне которого в придворной среде стоят угодники великокняжеской власти, «меньшие» люди, неродословные – дети боярские и ближние дьяки великого князя. По поводу этого конфликта великий князь Иван, как мы видели, особо резко и определенно выразил свое притязание на полную свободу распорядиться судьбой государства по своему самодержавному усмотрению. Устойчивая придворная традиция связала с именем и влиянием Софьи Палеолог начало «нестроения» при дворе великого князя, ломки старых обычае, разлада между государем и его советниками-боярами. Думные люди ропщут на «высокоумие» великого князя, который стал удаляться от боярской среды, возноситься над ней державным повелителем и решать дела помимо боярской думы с доверенными любимцами, «запершись сам третей у постели». Такое «несоветие» государя вызывает их гневные укоры. Речи, за которые великий князь Василий III казнил сына боярского, из тех «которые в думе живут», Берсеня Беклемишева, звучат и в писаниях князя Андрея Курбского, который осудил Грозного за «непослушание синклитского совета». Протест направлен на единоличные решения, на личное властвование с укором за «величество и высокоумие гордости», по выражению анонимного автора «иносказания» при «Беседе Валаамских чудотворцев», и мотивированной, как у Курбского тем, что царь «аще и почтен царством, а дарований которых от Бога не получил, должен искать доброго и полезного совета». Мысль эта, в которой основной момент – отрицание самочинного личного властвования, выходит за пределы защиты значения боярской думы, и, например, у двух последних авторов развернулась в указание на пользу совета не только «советников, но и всенародных человек», не только «мудрых и надежных приближенных воевод», но и «вселенского совета», созванного «от всех градов и от уездов градов тех». Особо острой стороной того же разногласия между царской властью и боярами, с взаимными попреками за «высокоумие», стал со времен Ивана III личный суд государя великого князя. Личное право карающей власти искони принадлежало князьям. Епископы недаром внушали св. Владимиру, что он «поставлен от Бога на казнь злым, а добрым на милование». Но те же епископы поясняли, что князю, конечно, подобает казнить людей преступных, «но с испытом». Осуществление этой власти сложилось в определенную практику великокняжеского суда «с боярами своими», в форму судебных заседаний царя с боярской думой. Это организованный суд, протекавший в обычных процессуальных формах («со испытом»), суд, по отношению к которому Судебник 1497 года устанавливает, как и для суда «детей великого князя» и для суда боярского, размер взимаемых судебных пошлин. Иван III решительно противопоставил этим формально-связанным проявлениям своей высшей судебной власти – притязание на право постановлять решения, которыми налагаются кары и имущественные взыскания помимо правильного судоговорения. «Праведному суду с боярами своими» царская власть противопоставила свою «опалу». Уже при нем слышим протесты бояр против «бессудных» приговоров, как в известном деле князя Оболенского, порешенном великим князем помимо обычного порядка «суда и исправы». А во времена царя Ивана Грозного поднялся с сугубой силой спор об «истинном суде царя и великого князя» в противоположность произвольным царским опалам. Этот спор привел к своеобразному уговору царя с московским народом в 1565 году, когда Грозный уехал из столицы в Александровскую слободу, грозил вовсе покинуть государство, объявил свою огульную опалу на духовенство, бояр, приказных и служилых людей за то, что вся эта среда, через которую государь держит свою землю, «покрывала» по его выражению, от царского гнева тех, кого он захочет наказать «в их винах». Ответное челобитье правящих кругов и всей Москвы гласило, чтобы государь своего государства не оставлял, а в жизни и казни государевых лиходеев – его государская воля. И царь Иван согласился вернуться к власти на том, что ему всех изменников и на всех, кто ему непослушен, класть опалу, подвергать их казни и конфискации имущества. Отпадали два обычая, стеснявшие личный произвол носителя верховной власти в деле осуждения и кары, - печалование духовенства за опальных и соблюдение обычных форм верховного суда. Отпадали сильные моральные и формальные сдержки крайних проявлений самодержавного усмотрения над личностью и имуществом «государевых холопов».