Митрополит стоял особо. При Киприане положение митрополии определено совместно великим князем и митрополитом в уставной грамоте, которой придана форма протокола их соглашения. Она и по содержанию близка к договорам между великим князем и его «братьей молодшей» - князьями удельными. Уставная грамота 1392 года обеспечивает самостоятельность митрополичьего суда и управления и ограничение повинностей и платежей населения митрополичьих волостей обычной стариной и пошлиной с отменой всего, что вновь «учинилось»; сбор дани только на уплату татарского выхода в определенном размере оброка-урока по старым оброчным грамотам, с его отменой в те годы, когда не придется давать дань татарам; выступление митрополичьих бояр и слуг в поход под командой митрополичьего воеводы только в тех случаях, когда сам великий князь лично выступает во главе всей ратной силы великого княжения. Внесена в эту уставную грамоту и гарантия иммунитета монастырских вотчин: в монастырские села великому князю не посылать агентов своей власти и не судить их населения: ведают и судят их игумены, а при совместном суде судебный доход делится пополам между великокняжеским и монастырским судьями. Но это не попытка общей гарантии вотчинных привилегий Церкви, а касается она тут только тех монастырей, которые определены как «извечные митрополичьи». «Свои» монастыри были и у владык-епископов, и у князей. Значительнейшие и много второстепенных тянуло ко двору великого князя. При сохранении за митрополитом его юрисдикции и власти иерархической по церковным делам, эти монастыри даже в период наибольшей самостоятельности русской митрополии находились в непосредственной зависимости от великого князя по вотчинному землевладению и привилегированной подсудности игумена, всей братии и монастырских людей великокняжескому суду. Жалованные грамоты, укрепляя вотчинные льготы населения и вотчинную власть игумена, закрепляли связь монастырских владений с великокняжеским двором и устанавливали за ними характер великокняжеского пожалования. Политически власть великого князя над церковными учреждениями вне территории собственных владений митрополии была ближе к ним и сильнее, чем власть главы русской церкви. Недаром видим великого князя в роли защитника церквей и монастырей в Москве и по городам от церковных налогов и поборов митрополита. Монастыри с их обширными вотчинами были предметом особого попечения великокняжеской власти и управление их делами стягивалось все плотнее ко двору великого князя, пока в XVI веке не стало одной из важнейших функций Приказа Большого Дворца.
При таких условиях понятно, что назначение игуменов, особенно в более значительные монастыри, было делом весьма существенным для великого князя и перешло фактически в его руки. Само сооружение новых монастырей происходило обычно с прямым участием великокняжеской власти, по крайней мере в том смысле, что возникающие монастыри, как только обстроятся и поставят свое хозяйство, спешили заручиться жалованными грамотами на свои земли и угодья, на право заселять свои вотчины пришлыми людьми со льготой в государевых пошлинах, на освобождение от подчинения местным властям с прямой подсудностью центральному великокняжескому суду.
Значительная была, с другой стороны, зависимость от великого князя епархиальных архиереев. Средневековая русская епархия представляла собой не только духовно-церковное, но и административно-владельческое учреждение. Само церковное управление, т.е. отношение архиерея к подчиненному белому и черному духовенству, было пропитано началами светского властвования. В центре архиерейского управления стояла деятельность архиерейского дома по суду и расправе над белым духовенством, которое обложено данью и оброками с церковных земель и сборов, и по управлению владычными монастырями, обширными вотчинами и их населением. По делам всего этого управления орудовал целый штат светских архиерейских чиновников, служилых людей разного калибра, наместников и дворян, приказчиков, десятильников и тиунов. Элементы епархиального и вотчинного управления характерно переплетались и сливались в духе общего строя отношений исторической эпохи, когда всякое властвование легко и неизбежно приобретало владельческий уклад. При подобном типе епархиального быта и строя архиереи сближались с боярами-кормленщиками и вотчинниками по своей социальной физиономии и по своей роли в общественном и политическом быту Великороссии. Епископы и игумены – «государевы богомольцы» - примыкают к княжескому двору, стоят в ряду – по сану в передних рядах – с боярами в княжеских советах и княжеской политической деятельности, и вместе со всей высшей общественной силой сосредотачиваются по мерее образования единого великорусского государства ко двору государя великого князя.