Иван Федорович приходился племянником Ивану Грозному, хотя и был несколько старше его по летам. Он был женат на племяннице государя, дочери Казанского царевича Петра, кой, приняв православную веру, был женат на государевой сестре Евдокии. Само собой разумеется, что уже одно родство ставило его в самые близкие отношения к малолетнему государю, а потому он скоро занимает очень важный чин. В 1541 году одиннадцатилетний государь жалует его к себе кравчим, чья обязанность была стоять у государева стола и подавать, отведывая, кушанья и питья, то есть охранять государево здоровье в пище и питье.
На свадьбе государя, когда Грозный женился в 1547 году на Анастасии Романовой, Мстиславский тоже является в числе самых близких людей к царю: он спит у постели новобрачного с Никитой Романовым Юрьевым и находится в спальниках и мовниках в бане у государя с тем же Романовым.
Почти в одно время с царем, и по его назначению, женился и Иван Мстиславский на княжне Ирине Александровне Горбатовой-Суздальской. Свадьбу справлял сам государь на дворцовый счет и пообещал притом, что и впредь будет жаловать своего племянника с его новобрачной и новым родством великим своим жалованьем.
Действительно обещание это было в точности исполнено, и Мстиславский во всё царствование Грозного постоянно был впереди всего боярства не по одной знатности своего рода, но и по особому расположению к нему государя, так часто опалявшегося почти на всех своих приближенных. Конечно, при Грозном мудрено было не попасть в какую-нибудь беду и не поселить в государе какого-либо подозрения к своим действиям. Случалось это и с Мстиславским, но гроза его благополучно обходила стороной.
Следует сказать, что князя спасал его характер, не отличавшийся ни особым честолюбием, ни способностью заводить интриги и крамолы. Князь вовсе не принадлежал к тому разряду приближенных лиц, из коих выработался впоследствии Борис Годунов. Иван Мстиславский был вполне преданным и самым послушным племянником государю и всегда удалялся от всякой борьбы с боярами и от всякого участия в их крамолах.
В 1548 году Мстиславский был пожалован из кравчих в бояре и по знатности рода занял тотчас самое видное место в кругу бояр. Во время знаменитого похода на Казань, в 1552 году, он был первым воеводой в Большом полку (что равнялось званию генерал фельдмаршала). Точно также и во время похода на Ливонию в 1559 году был тоже первым воеводой. И там и здесь он успешно ратоборствовал, хотя и не отличился блистательными подвигами.
В 1565 году, в год учреждения Опричнины, дворы Мстиславского и Старицкого сгорели.
Иван Грозный позволил Владимиру Андреевичу выстроить себе хоромы на старом месте, подле Митрополичьего двора и по стороне Троицкого подворья, отдав ему и место Мстиславского двора. Ивану же Федоровичу было отведено новое место неподалеку от Гостунского собора (именно то место, которым в XVII веке владел уже сын его
После разделения России на Опричнину и Земщину, Иван Грозный поставил во главе последней Мстиславского и Бельского. Но с этой поры, как известно, дела в государстве приняли другой оборот и новые походы и войны оказались весьма неудачными.
Так, в 1571 году, когда шел на Москву крымский хан Девлет-Гирей, московские воеводы, в том числе и Мстиславский, не успели дать отпор хану и пропустили его к самой столице. Вся Москва была сожжена. Посмотрев на небывалый пожар, хан возвратился в степи. Конечно, не один Иван Мстиславский был виноват в этом несчастье. Но Грозный обвинил именно Мстиславского в том, что он с «товарищами боярами изменил, навел на Русскую землю хана, и вдобавок соблазнился в вере, и помышлял отъехать в Литву». Оправдываться было бесполезно, ибо царь обвинял не столько самого Мстиславского, а столько вообще всё боярство, у которого Мстиславский был первым представителем.
По ходатайству митрополита и духовенства, первенствующий боярин был прощен; от него была взята клятвенная запись за поручительством троих бояр, обязавшихся внести царю две тысячи рублей, если князь отъедет. За бояр поручились еще 285 человек, разверставши эту огромную сумму, кто, сколько мог уплатить, так что порука стала самая крепкая.