В 1589 году Борис Годунов учредил на Руси патриаршество. На то была веская причина. Взятие Константинополя турками, зависимость восточных патриархов от султана возбудило в Москве желание обрести совершенную
Управлять таким громоздким хозяйством эти выше названные тринадцать властей не могли. Поэтому управление приходским духовенством и монастырями они поручили особым чиновникам из мирян, коих звали
Во дворах митрополитов, архиепископов и епископов также были различные палаты или приказы, в коих заседали священники и протопопы; в каждом приказе сидело от четырех до двадцати духовных лиц.
Кроме того, патриарх со всем освященным собором приговорил учредить в Москве восемь старост поповских, чтоб у каждого было по сорок попов, да по четыре дьякона в десятских, поставить им избу у Покрова богородицы на Рву (у Покровского собора или Василия Блаженного), куда должны сходиться старосты и десятские каждый день.
Старосты должны были наблюдать, чтоб в известные дни были по всем церквам молебны и обедни; рассылать для этого по всем церквам
Служить по церквам попы должны сами, причем наймитов чтоб они не нанимали, кроме великой нужды или какого-нибудь прегрешения.; от приходских храмов попам по другим церквам служить не велено.
Безместные попы должны приходить к храму Покрова богородицы, к поповской избе и здесь наниматься служить с патриаршего доклада. Найму брать в простые дни по алтыну, а в большие праздники и на Святой неделе по два алтына, и больше не брали бы. Старосты должны смотреть за этим накрепко.
Черным попам в мирских церквах служить запрещалось.
Если христолюбцы станут приносить милостыню на храмы о здравии или за упокой и велят разделить по храмам в Поповской избе, то старосты должны эту милостыню раздать по храмам. Пяти протопопам поручено было смотреть, чтоб старосты поповские исполняли этот наказ.
Борис Годунов, привлекая на свою сторону духовенство, провел (через патриарха Иова) немало церковных новшеств, но ему до самой смерти так и не удалось «крамолу избыть». Частые пожары Москвы, набеги ордынцев, лютые «Голодные годы» — всё приписывалось недоброму умыслу Годунова. Для народа он так и остался Злодеем.
Вот что говорили современники о главных недостатках Бориса:
«Цвел он, как финик, листвием добродетели и, если бы терн завистной злобы не помрачал цвета его добродетели, то мог бы древним царям уподобится. От клеветников изветы (доносы) на невинных людей в ярости суетно принимал, и поэтому навел на себя негодование чиноначальников всей Русской Земли: отсюда много ненасытных зол на него восстали и добро цветущую царства его красоту внезапно низложили».
Подозрительность эта на первых порах уже проявилась в клятвенной записи, но впоследствии дело дошло до опал и доносов. Князьям Мстиславскому и Василию Шуйскому, кои по знатности рода могли иметь притязания на престол, Борис не позволял жениться. С 1600 года подозрительность Годунова заметно возрастает. И первой её жертвой стал Богдан Бельский, коему царь поручил строить Борисов город. По доносу о щедрости Бельского к ратным людям и неосторожных словах: «Борис царь на Москве, а я в граде Борисове», Бельский был вызван в Москву, подвергся различным оскорблениям и сослан в один из отдаленных городов.
Холоп князя Шестунова сделал донос на своего господина. Донос оказался не заслуживающим внимания, тем не менее холопу сказали царское жалованное слово на площади и объявили, что царь за его службу и раденье жалует ему поместье и велит служить в детях боярских.