Дорогою трое казанских вельмож (двое князей — Ислам и Кебяк и мурза Аликей) отпросились у воевод в Казань. Приехав в Казань, они затворили город и объявили жителям, что русские непременно истребят их всех, что об этом говорил сам Шиг-Алей. Когда бояре подъехали к Казани, они были встречены Иваном Черемисиновым, который объявил им: «До сих пор мы лиха никакого не видали; но теперь, как прибежали от вас князья и стали говорить лихие слова, то люди замешались». Бояре подъехали к Царёвым воротам — ворота затворены, а вооружённые люди бегут на стены. Тут приехали к воеводам казанские князья и стали бить челом, чтоб не кручинились: «Возмутили землю лихие люди, подождите, пока не утихнут». Бояре отправили в город двоих казацких вельмож сказать жителям: «Зачем вы изменили? Вчера и даже сегодня ещё присягали — и вдруг изменили! А мы клятву свою держим, ничего дурного вам не делаем». Посланные возвратились с таким ответом: «Люди боятся побою, а нас не слушают». Все переговоры не привели ни к чему, и бояре, видя, что ничего доброго не выйдет, велели перехватать казанских вельмож и казаков, которых вывел Шиг-Алей, а казанцы задержали у себя детей боярских, прибывших наперёд с воеводскими обозами. Простояв полтора дня под Казанью, воеводы пошли назад к Свияжску, приказав не трогать Казанского посада, чтобы с своей стороны не нарушать ни в чём крестного целования. А казанцы, послав к ногаям просить царя немедленно начать войну, стали приходить на горную сторону и отводить жителей её от Москвы. Но горные люди побили их отряд и взяли в плен двоих князей, которых привели к воеводам; по приказанию воевод пленники были казнены.
Весть об этих неожиданных и прискорбных событиях получена была царём Иоанном 24 марта, и он немедленно отправил на помощь к воеводам в Свияжск шурина своего, Данилу Романовича Захарьина-Юрьева. Шиг-Алею велено было отправиться из Свияжска в свой городок Касимов. В апреле царь созвал совет относительно решительного похода на Казань. На этом совете высказано было много разных мнений. Принимая во внимание, что война предстоит не с одними только казанцами, но также и с ногаями и с Крымом, предлагали послать под Казань воевод, а самому царю остаться в Москве. Но Иоанн объявил, что хочет отправиться в поход непременно сам, рассчитывая в таком случае на более верный успех. «Бог видит моё сердце, — говорил он, — хочу не земной славы, а покоя христиан. Возмогу ли некогда без робости сказать Всевышнему: се я и люди Тобою мне данные, если не спасу их от свирепости вечных врагов России, с которыми не может быть ни мира, ни отдохновения?» Молодой царь глубоко сознавал необходимость сразить главу Казани и потому, несмотря на все возражения бояр, решительно сказал, что пойдёт на своё дело — дело, которое он считал нравственно обязательным для себя. И так решено было отпустить водою войско, большой наряд (артиллерию), запасы для царя и всего войска, а самому государю идти полем (сухим путём), когда приспеет время.
Между тем из Свияжска пришли дурные вести, что горные люди волнуются и многие из них ссылаются с казанцами, да и во всех мало правды, большое непослушание. К довершению несчастья, в русском войске открылась ужасная болезнь — цинга, от которой умерло много детей боярских, стрельцов и казаков и которая всё ещё продолжала свирепствовать. Получив эти известия, Иоанн велел князьям Александру Борисовичу Горбатому и Петру Ивановичу Шуйскому немедленно двинуться в Свияжск. Вести, присланные ими Иоанну с места действия! были ещё менее утешительны. Горбатый и Шуйский сообщали следующее: горные люди изменили всё, пристали к Казани и сделали нападение около Свияжска на табуны воеводских стад. Воеводы посылали на них казаков, но казанцы казаков разбили, убили 70 человек и взяли пищали. Болезнь (цинга) не ослабевает: продолжает умирать много людей. От князя Михаила Глинского из Камы ехали казаки в судах на Свиягу за кормом. Казанцы всех их перебили, не дав пощады и взятым в плен 31 человеку, перебили также и всех детей боярских, приехавших наперёд в Казань с воеводскими обозами и захваченных там жителями. Наконец — сообщали Горбатый и Шуйский — казанцы уже получили от ногаев царя — астраханского царевича Едигера-Магмета: его подстерегали, но не могли схватить на пути в Казань.