Построение Свияжска и отпадение горной стороны усилило в Казани московскую партию, противную крымской: «начаяи розниться казанцы с крымцами», говорит летопись. Крымцы, опасаясь, что казанцы при первом удобном случае могут выдать их русским, собрались, пограбили всё, что было можно, и побежали из Казани в числе 300 человек, побросав жён и детей. Они бежали вверх по Каме и вошли в Вятку. Но вятский воевода Зюзин поразил их на голову и потопил; 46 человек были взяты в плен, отосланы в Москву и там казнены смертью — «за их жестокосердие», говорит летописец. После бегства крымцев Казань очутилась в руках русской партии. И вот к Иоанну явились казанские послы с челобитьем, чтобы он не велел пленить их, дал бы им на царство Шиг-Алея, а царя Утемиш-Гирея с матерью Сююн-Бекою взял к себе. Иоанн отвечал, что пожалует землю казанскую, если казанцы выдадут царя, царицу, остальных крымцев и детей и освободят всех русских пленников. Алексей Адашев отправился в Свияжск объявить Шиг-Алею, что государь жалует ему казанское царство с луговою и арскою стороною, но горная сторона отойдёт к Свияжску, как «взятая Божиим милосердием да саблею» государя ещё до челобитья казанцев. Шиг-Алея сильно оскорбило это последнее условие; но бояре прямо объявили ему, что оно не будет изменено ни под каким видом; то же самое было объявлено и казанским вельможам, когда они начали было говорить, что землю разделять не следует. В августе (1551 года) Шиг-Алей посажен был в Казани и, согласно условию, освободил русских пленников — 60 000 человек[42].
В Казани опять начала усиливаться партия, противная русским, вследствие тяжёлых условий, наложенных московским царём. Шиг-Алею и вельможам казанским нестерпимо было отделение горной стороны. Оставленные при Шиг-Алее, боярин Хабаров и дьяк Выродков уже в сентябре дали знать государю, что русские пленные освобождены не всё, что Шиг-Алей знает это, но не обращает на это внимания, боясь волнения. Иоанн не мог терпеть того, чтобы русские люди томились в плену в подчинённом государстве, однако он надеялся кроткими мерами, ласкою заставить Шиг-Алея и казанцев исполнить предъявленные им условия. В Казань поехали боярин князь Дмитрий Палецкий и дьяк Клобуков: они повезли царские подарки хану, ханше, князьям казанским и благодарность царю и земле казанской за службу, но вместе с тем они должны были требовать освобождения всех русских пленных, в противном случае объявить, что государь терпеть этого не будет. Между тем как Палецкий поехал в Казань с этим наказом, из Казани в Москву приехали послы с челобитьем от Шиг-Алея, чтоб государь уступил ему горную сторону; если же он не хочет уступить всей стороны, то пусть даст хотя несколько оброков с неё и, кроме того, дал бы клятву царю и земле казанской в соблюдении мира. Иоанн велел отвечать, что не уступит с горной стороны ни одной деньги, а клятву даст тогда, когда в Казани освободят русских пленников — всех до одного человека. Возвратившие! из Казани, боярин Хабаров и дьяк Выродков сообщили, что казанцы мало освобождают пленных, куют их и прячут по ямам; а Шиг-Алей не наказывает тех, у кого найдут пленников, оправдываясь тем, что боится волнения. Ему доносят, что казанские князья ссылаются с ногаями: он об этом разведает и даст знать государю. Действительно, в ноябре Шиг-Алей и князь Палецкий дали знать, что казанские князья сносятся с ногаями и хотят убить Шиг-Алея и Палецкого. Узнав о заговоре, Шиг-Алей опередил заговорщиков, зазвал их к себе на пир и велел их перебить числом 70 человек, а другие разбежались.
Необходимо было предпринять новые, более действенные меры к прекращению волнений и беспорядков в беспокойной Казани. Иоанн отправил в Казань Алексея Адашева сказать Шиг-Алею: «Сам ты видишь измену казанцев — они изначала лгут государям московским, брата твоего Еналея убили, тебя самого несколько раз изгоняли и теперь хотели убить: нужно непременно, чтобы ты укрепил город русскими людьми». Шиг-Алей отвечал на это: «Прожить мне в Казани нельзя: сильно я раздосадовал казанцев — обещал я им у царя и великого князя горную сторону выпросить. Если меня государь пожалует, горную сторону даст, то мне в Казани жить можно, и, пока я жив, до тех пор Казань государю крепка (верна) будет. Если же у меня горной стороны не будет, то мне бежать к государю». Князь Палецкий и Адашев говорили ему на это: «Если тебе к государю бежать, то укрепи город русскими людьми (то есть русским войском)». Шиг-Алей не соглашался на это: «Я бусурман (мусульманин), не хочу на свою веру стать и государю изменить не хочу же; ехать мне некуда, кроме государя». Палецкий и Адашев отправились в Москву, оставив в Казани Ивана Черемисинова с отрядом стрельцов беречь Шиг-Алея от казанцев. Приехав на Свиягу, Палецкий узнал здесь, что в народе ходят слухи: придёт весна, и казанцы изменят государю; а Шиг-Алея не любят. Когда же казанцы изменят, тогда — уверяли Палецкого — и горную сторону нельзя будет удержать.