Смерть Сафа-Гирея, усилившая внутренние волнения в Казани, была весьма выгодна для московского царя, не говоря уже о том, что в лице его русский народ избавился от своего жесточайшего врага. Царём казанским был провозглашён двухлетний сын Сафа-Гирея, Утемиш, под опекою матери Сююн-Беки. Если Казань долгое время могла поддерживать свою независимость благодаря малолетству Иоанна, то теперь, когда Иоанн возмужал и обнаружил намерение решительно действовать против казанцев, они, понимая невыгоду своего положения, послали к Крымскому хану просить у него помощи. Но московские казаки побили послов казанских и переслали в Москву грамоты, которые те везли в Крым. Не видя помощи из Крыма, казанцы в июле 1549 года прислали к Иоанну грамоту, в которой от имени Утемиш-Гирея писали о мире. Царь отвечал, чтобы прислали к нему для переговоров добрых людей. Не дождавшись послов из Казани, Иоанн 24 ноября сам выступил в поход с родным братом своим Юрием, оставив оберегать Москву двоюродного брата своего Владимира Андреевича, и пришёл под Казань уже в феврале 1550 года. Однако и второй поход Иоанна под Казань также не имел успеха. Приступ к городу не удался: с обеих сторон было побито множество народа; а потом сделалась распутица — настали ветры, дожди, большая слякоть[41]. Простояв под Казанью 11 дней Иоанн вынужден был возвратиться в Москву. Впрочем, он не хотел на этот раз возвратиться совершенно ни с чем: по примеру отца, основавшего Васильсурск, он заложил на устье Свияги город Свияжск. Дьяк Иван Выродков отправился на Волгу, в Углицкий уезд, в отчину князей Ушатых, рубить лес для церквей и городских стен и везти его на судах вниз по Волге; а для поставления города отправились весною на судах царь Шиг-Алей с двумя главными воеводами — князем Юрием Булгаковым и Данилою Романовичем Юрьевым, братом царицы Анастасии. Туда же поехали с войском и казанские выходцы, которых тогда в Москве было 500 человек. Князю Петру Серебряному велено было идти из Нижнего на Казанский посад. Казаки стали на всех перевозах по Каме, Волге и Вятке, чтобы воинские люди не ездили из Казани и в Казань. Серебряный в точности и с успехом исполнил приказ: явился внезапно перед Казанским посадом, побил много людей и живых побрал, а также освободил многих русских пленников; 24 мая Шиг-Алей пришёл с воеводами на Свиягу. Тотчас начали очищать от леса место, где предположено быть городу. Когда очистили гору, то пропели молебен, освятили воду и обошли с крестами по месту будущих стен; потом обложили город и заложили церковь в честь Рождества Богородицы и во имя Чудотворца Сергия. Лесу, привезённого сверху по Волге, достало только на половину горы; другую половину приготовили тотчас же воеводы и дети боярские своими людьми. Построение города окончено было в четыре недели.
Построение города Свияжска под боком у Казани было вторым шагом к полному покорению Казанского царства, как построение Васильсурска было первым шагом. В самом деле, скоро не замедлили сказаться следствия построения нового города. Горные черемисы, то есть жившие на правом, нагорном берегу Волги, увидав, что в их земле стал русский город, начали приезжать к Шиг-Алею и воеводам с челобитием, чтобы государь простил их и велел им быть у Свияжского городка, чтобы облегчил их ясак (оброк) и дал им свою жалованную грамоту о том, как им впредь быть. Государь дал им грамоту с золотою печатью и сложил с них ясак на три года, а Шиг-Алею и воеводам приказал привести горную сторону к присяге и послать черемис войною на Казань, чтобы удостовериться в том, останутся ли они верными государю. Воеводы привели к присяге черемис, чуваш и мордву и сказали им: «Вы присягнули государю, так ступайте, покажите свою правду государю, воюйте его недруга (то есть казанцев)». Новые подданные московского государя собрались большими толпами, перевезлись на луговую (левую) сторону Волги, пришли к Казани на Арское поле и крепко бились с крымцами, вышедшими к ним навстречу. Когда же из города вывезли пушки и пищали и начали стрелять, то черемисы и чуваши дрогнули и побежали, потеряв 100 человек убитыми и 50 человек взятыми в плен. Показав верную службу русскому царю, горные люди начали ездить по 500—600 человек в Москву, где встречали ласковый приём у царя.