Мы уже упоминали что вследствие торжества Крымской партии в Казани, Шиг-Алей, посаженный русским правительством, принуждён был бежать из Казани. Первым делом возвратившегося в неё Сафа-Гирея было избиение предводителей противной партии: убиты были князья Чура, Кадыш и другие. Братья Чуры и ещё человек 70 доброжелателей Москвы — или что то же Шиг-Алея — успели спастись бегством в Москву. Через несколько месяцев Горная Черемиса прислала бить челом царю Иоанну, чтоб он послал рать на Казань, а они хотят служить государю. Вследствие этого челобитья отправился в поход князь Александр Борисович Горбатый, воевал до устья Свияги и привёл в Москву 100 человек Черемисы. В конце 1547 года Иоанн решился сам выступить в поход против Казани. В декабре он выехал во Владимир, куда приказал везти за собой пушки. Они были отправлены уже в начале января следующего года с большим трудом, потому что зима была тёплая, вместо снега шёл всё дождь, и обозы и пушки тонули в грязи. В феврале сам Иоанн выступил из Нижнего Новгорода и остановился на острове Работке, в 80-ти вёрстах за Нижним. В это время наступила сильная оттепель, лёд на Волге покрылся водою, много пушек и пищалей провалилось в реку, много людей потонуло в продушинах, которых не видно было под водою. Три дня простоял царь на острове Работке, тщетно ожидая пути. Тогда, отпустив к Казани князя Димитрия Фёдоровича Бельского и приказав ему соединиться с Шиг-Алеем в устье Цивили, Иоанн возвратился в Москву в больших слезах и в великой печали, что Бог не сподобил его совершить похода. Бельский соединился с Шиг-Алеем; и они вместе подошли к Казани. На Арском поле их встретил Сафа-Гирей, но был втоптан в город передовым полком, находившимся под начальством князя Семёна Микулинского. Семь дней после того стояли воеводы подле Казани, опустошая окрестности, и возвратились, потеряв из знатных людей убитым Григория Васильевича Шереметева. Осенью казанцы напали на Галицкую волость под начальством Арака-Богатыря; но костромской наместник Яковлев поразил их на голову на берегах речки Еговки, на Гусевом поле, и убил Арака. В марте 1549 года в Москву пришла весть о смерти Сафа-Гирея.
Медлительность московского правительства в войне с Казанью во время малолетства Иоаннова, происходившая главным образом от страха перед ханом Крымским, дорого стоила пограничным областям, сильно опустошённым казанцами. Когда Казань находилась в руках Сафа-Гирея, злейшего врага русских, она, по выражению современников, «допекала Руси хуже Батыева разорения: Батый только один раз протёк русскую землю, словно горящая головня; а казанцы беспрестанно нападали на русские земли, жгли, убивали и таскали людей в плен». Набеги их сопровождались варварскими жестокостями: они выкалывали пленникам глаза, обрезали им уши и носы, обрубали руки и ноги, вешали за рёбра на железных крючьях. Русских пленников у казанцев было такое множество, что их продавали огромными толпами, словно скот, разным восточным купцам, нарочно приезжавшим для этой цели в Казань.