Начавшаяся в июне 1941 года война внесла свои поправки в рабочий план писателя. Ведущее место в творчестве А. Н. Толстого заняла публицистика. В его статьях и очерках того периода неизменно звучала тема героического прошлого русской нации. Напоминая советским воинам о славных подвигах наших предков, писатель часто обращался к образу Грозного, раскрывая в нем черты правителя-патриота, полководца, неустанно охранявшего русские рубежи. Время правления Грозного возникает в толстовских статьях как «эпоха русского ренессанса, которая так же, как эпоха Петра Великого, отразила огромный подъем творческих сил русского народа». (Поли. собр. соч., т. 14, стр. 373.)
Толстой утверждал, что Иван Грозный «справедливо считается создателем русского государства». «Многолетняя, победная вначале борьба Ивана Грозного окончилась военной неудачей, но русское государство было создано и широко раскинулось до Каспия и до Байкала. Земля стала единой и отечество единым», — писал он в статье «Стыд хуже смерти».
В публицистике первых военных месяцев уже были намечены в общих чертах и тема и историческая концепция будущих пьес о Грозном. К непосредственной работе над драматической повестью Толстой приступил в октябре 1941 года, в Зименках, недалеко от г. Горького, на берегу Волги. «Она была моим ответом на унижения, которым немцы подвергли мою родину, — вспоминал впоследствии писатель. — Я вызвал из небытия к жизни великую страстную русскую душу — Ивана Грозного, чтобы вооружить свою «рассвирепевшую совесть». (См. наст. Собр. соч., т. 1, стр. 62.)
В Зименках были написаны первые три картины пьесы «Орел и орлица», первоначально называвшейся «Иван Грозный». Работа над последующими картинами шла в Ташкенте, куда Толстой переехал в ноябре 1941 года. В конце февраля 1942 года пьеса была закончена. Отрывок из нее под заглавием «Иван Грозный». Сцены из второй картины» впервые появился на страницах газеты «Литература и жизнь» 21 марта 1942 года. В том же году она была напечатана целиком в издательстве «Искусство» (М.—Л., 1942) на правах рукописи тиражом в 200 экземпляров под названием «Иван Грозный. Пьеса в 9-ти картинах».
Вначале А. Н. Толстой предполагал ограничиться одной пьесой. Решение продолжать разработку темы Грозного было принято позже, после обсуждения пьесы литературной и театральной общественностью Москвы и Ташкента.
В июле 1942 года, в ответ на просьбу внести некоторые исправления в текст «Грозного», драматург телеграфировал директору Малого театра И. Я. Судакову: «Переделки ни к чему не приведут. Ноябре будет новая пьеса». Произведение об эпохе Ивана IV мыслилось в то время как драматическая трилогия. Однако впоследствии изменился и этот замысел. Когда была окончена вторая пьеса — «Трудные годы» (Москва, апрель 1943 г.), драматург понял, что в ней завершается и самый яркий период жизни его героя. «Третью часть писать не буду, — говорил он Б. В. Ромашову после обсуждения «Грозного» в Малом театре. — Это страшно. Это такой мрак. Крушение всех его надежд. Нельзя писать в такое время. Не подниму. После войны как-нибудь». Не желая показывать последние годы царствования и смерть Ивана IV, Толстой отказался от создания трилогии. Пьесы «Орел и орлица» и «Трудные годы» были объединены в драматическую повесть в двух частях «Иван Грозный».
Первые издания пьес А. Н. Толстого о Грозном во многом отличаются от окончательного текста драматической повести. По просьбе автора его произведение широко обсуждали в Институте истории Академии Наук СССР, в литературных и театральных организациях. Чутко прислушиваясь к мнению советской общественности, А. Н. Толстой несколько раз перерабатывал свое произведение.
Наиболее серьезным переделкам подверглась первая пьеса — «Орел и орлица».
В октябре 1943 года Толстой завершил работу над окончательным вариантом драматической повести «Иван Грозный». В новой редакции автор снял комические элементы в изображении бояр и значительно усилил их отрицательную характеристику. Благодаря этому была достигнута большая напряженность в развитии основного конфликта, ярче показана историческая правота Грозного в его борьбе с оппозиционным боярством. Переделывая дилогию, драматург стремился глубже раскрыть формирование характера Ивана IV, психологически более тонко обосновать постепенное превращение порывистого, страстного, доверчивого юноши в грозного государя. В последнем варианте драматической повести резче подчеркнуты абсолютистские устремления Ивана IV, утвердившего на Руси принцип неограниченной самодержавной власти. Более четкое освещение получила и внешняя политика Грозного, в образе которого А. Толстой оттенил теперь черты тонкого и дальновидного дипломата.
Дополнения и изменения, внесенные в образную ткань драматической повести, потребовали некоторой композиционной перестройки. Писателю пришлось перекомпановать отдельные картины, ввести ряд новых сцен и эпизодов.