В первоначальном варианте пьесы причины удаления Сильвестра из Москвы не были до конца ясны читателю. Создавалось впечатление, что Иван IV идет на разрыв со своим наставником необдуманно, в порыве гнева, раздраженный его упрямством. После правки этот эпизод приобрел совершенно другое звучание. Внесенные в окончательный текст слова Грозного: «Я опомнился, поп. И видеть тебя более не хочу… Ты, ты от юности моей держал па узде мою волю. По твоему скаредному разуму мне было и есть, и пить, и с женою жить… Ты, аки бес неистовый, благочестие поколебал и тщился похитить богом данную мне власть… Прочь от меня, — навеки…» — не оставляют сомнений в том, что решение царя непоколебимо. Теперь уже он карает не докучливого советчика, а человека, превысившего свою власть, мешавшего ему самостоятельно управлять государством.
При переработке финальной сцены писатель значительно расширил заключительный монолог Грозного, дополнив его страстной молитвой («Гол и нищ перед тобой, господи…»), выражающей решимость царя беспощадно бороться с изменниками.
Вторая часть драматической повести «Иван Грозный» — пьеса «Трудные годы» — также насчитывает несколько вариантов. Черновые записи писателя свидетельствуют, что по первоначальному замыслу большое место в «Трудных годах» должны были занимать дипломатические переговоры Грозного с английской королевой Елизаветой. Используя сведения о планах военного и торгового союза с Англией, который Иван IV думал закрепить женитьбой на племяннице Елизаветы, драматург хотел показать стремление России к расширению дружественных связей с западными державами. Решив начать пьесу сценой приема русского посла в Лондоне, Толстой предполагал дать затем другую картину, посвященную судьбе длительных англо-русских переговоров. Сохранился набросок этой сцены: «Сцена. Иван и английский посол. Он привез отказ от Елизаветы. Иван говорит ему отповедь. О том, каково стало царство русское. Четыре тысячи и более верст от Урала на восход солнца. Волга стала русской рекой. И Ливонские отчины, и Москва… А Елизавета — пошлая девка и т. д.». (См. А. Н. Толстой, Поли. собр. соч., т. 10, стр. 701.) Впоследствии Толстой отказался от этого замысла, перенеся акцент на события Ливонской войны и защиту национальной независимости русского государства.
Многократно варьировал драматург картину вторую («Палата в Опричном дворце, Земский собор»). Особенно серьезной переделке был подвергнут первоначальный текст беседы Грозного с литовским послом Воропаем и концовка картины, которую автор дополнил сценой примирения царя с его ярым врагом — новгородским митрополитом Пименом. В то же время, перерабатывая десятую картину (казни в Новгороде), автор сократил полную ненависти к царю речь Пимена, оставив из нее лишь несколько реплик.
В процессе работы не раз менялся и замысел финала. В одной из черновых рукописей сохранился эпизод у царского шатра, которым Толстой вначале хотел закончить дилогию:
«Иван идет к шатру. Из шатра выбегает Анна, простоволосая, в темном платье. Взглянула на зарево, всплеснула руками и опустилась у ног Ивана.
Анна. Москва… Москва. Огонь. Огонь.
Иван поднимает ее на руки, приближает ее лицо к своему.
Иван. Зачем выбежала? Дитя неразумное… Поди ляг опять, укройся… Чего боишься? Я никуда не отойду… Я настороже… Анна, Аннушка… Открой глаза, покажи небо лазоревое…
Голос сторожевого. Не спи… Не спи… Не спи…» (См. А. Н. Толстой, Поли. собр. соч, т. 10, стр. 704.)
В печатном тексте пьесы эта сцена отсутствует. Писатель исключил ее, чтобы показом личного счастья героев не снижать политического звучания финала.
Пьеса «Трудные годы», так же как «Орел и орлица», была впервые напечатана на правах рукописи («Искусство» М.—Л., 1943). Полностью драматическая повесть «Иван Грозный» опубликована в 11–12 книжке журнала «Октябрь» за 1943 год (вышла в свет в марте 1944 г.), причем при подготовке к следующему— отдельному изданию («Искусство», М. 1944) текст дилогии вновь подвергся некоторой переработке.