При стрельбе зенитными пушками цифровая вычислительная система решала задачу встречи снаряда с целью и определяла зону поражения по данным, поступающим с выходных валов антенны станции сопровождения, из блока выделения сигналов ошибок по угловым координатам и с дальномера, а также из системы измерения углов качек и курса боевой машины. В случае постановки противником интенсивных помех станции сопровождения по каналу измерения дальности (автодальномера) осуществлялся переход на ручное сопровождение цели по дальности, а при невозможности даже ручного сопровождения – на сопровождение цели по дальности от станции обнаружения или на ее инерционное сопровождении. При постановке интенсивных помех станции сопровождения по угловым каналам сопровождение цели по азимуту и углу места осуществлялось оптическим прицелом, а при отсутствии видимости – инерционно (от цифровой вычислительной системы).
При стрельбе ракетами применялось сопровождение цели по угловым координатам с помощью оптического прицела. После пуска ЗУР попадала в поле зрения оптического пеленгатора аппаратуры выделения координат ракеты. По световому сигналу от трассера ракеты в аппаратуре вырабатывались угловые координаты ЗУР относительно линии визирования цели, которые поступали в вычислительную систему. Она вырабатывала команды управления ЗУР, поступающие в шифратор, где они кодировались в импульсные посылки и через передатчик станции сопровождения передавались на ракету. Движение ракеты практически на всей траектории происходило с отклонением от линии визирования цели на 1,5 д. у. для снижения вероятности попадания отстреливаемой целью оптической (тепловой) помехи-ловушки в поле зрения пеленгатора. Ввод ракеты на линию визирования цели начинался за 2-3 с до встречи с целью и заканчивался вблизи от нее. При приближении ЗУР к цели на расстояние 1000 м на ракету передавалась радиокоманда на взведение неконтактного датчика. По истечении времени, соответствующего пролету ракетой 1000 м от цели, боевая машина автоматически переводилась в готовность к пуску следующей ЗУР по цели.
При отсутствии в вычислительной системе информации о дальности до цели от станций сопровождения или обнаружения использовался дополнительный режим наведения ЗУР, при котором ракета сразу выводилась на линию визирования цели, неконтактный датчик взводился через 3,2 с после старта ЗУР, а приведение боевой машины в готовность к пуску следующей ракеты осуществлялось по истечении времени полета ракеты на максимальную дальность.
Организационно 4 боевых машины комплекса "Тунгуска" сводились в зенитный ракетно-артиллерийский взвод зенитной ракетно-артиллерийской батареи, состоящий из взвода ЗРК "Стрела-10СВ" и взвода комплексов "Тунгуска". Батарея входила в состав зенитного дивизиона мотострелкового (танкового) полка. В качестве батарейного командирского пункта использовался пункт управления ПУ-12М, который был связан с командным пунктом командира зенитного дивизиона – начальника ПВО полка. В качестве последнего использовался пункт управления подразделениями ПВО полка "Овод-М-СВ" (подвижный пункт разведки и управления ППРУ-1) или его модернизированный вариант – "Сборка" (ППРУ-1 М). В дальнейшем боевые машины комплекса "Тунгуска" должны были сопрягаться с унифицированным батарейным командирским пунктом 9С737 ("Ранжир"). При сопряжении комплекса "Тунгуска" с ПУ-12М команды управления и ЦУ с последнего на боевые машины комплекса должны были передаваться голосом с помощью штатных радиостанций, а при сопряжении с командирским пунктом 9С737 – с помощью кодограмм, формируемых аппаратурой передачи данных, которой должны были быть оборудованы эти средства. В случае управления комплексами "Тунгуска" от батарейного командирского пункта анализ воздушной обстановки и выбор целей для обстрела каждым комплексов должны были производиться на этом пункте. В этом случае на боевые машины должны были передаваться распоряжения и целеуказания, а с комплексов на батарейный командирский пункт – данные о состоянии и результатах боевой работы комплекса. Предполагалось в дальнейшем обеспечить прямое сопряжение зенитного пушечно-ракетного комплекса и с КП начальника ПВО полка с помощью телекодовой линии передачи данных.
Функционирование боевых машин комплекса "Тунгуска" обеспечивалось с применением транспортно-заряжающих машин 2Ф77М (на КамАЗ-43101, с 2 боекомплектами патронов и 8 ЗУР), машин ремонта и техобслуживания 2Ф55-1 (на Урал-43203 с прицепом) и 1Р10-1М (на Урал-43203, по радиоэлектронной аппаратуре), машин техобслуживания 2 В110-1 (на Урал-43203, по артиллерийской части), автоматизированных контрольно-испытательных подвижных станций 9В921 (на ГАЗ-66), мастерских техобслуживания МТО-АТГ-М1 (на ЗиЛ-131).