«Успокойтесь, – говаривал святитель Марии Кузьминичне, – Господь милостив и всемогущ. Он поможет вашему сыну». Между тем подходила Пасха 1853 года. Владыка велел Марии Кузьминичне прийти к нему на первый день праздника вместе с сыном. Вот и Пасха наступила. На первый день вечерню владыка Филарет служил в своей домовой церкви, сооруженной в честь святителя Митрофана Воронежского, куда допускались только избранные лица. Сюда-то и пошла со своим сыном Владимиром Мария Кузьминична, чтобы там после вечерни поздравить святителя с великим праздником Воскресения Христова.
После окончания службы все молящиеся стали подходить ко кресту, который держал владыка. После всех подошла и Мария Кузьминична с сыном. С сердечным трепетом подходила Мария Кузьминична к великому архиерею: ее сердце предвещало, что сейчас должно свершиться что-то особенное. Святитель дал поцеловать крест и, как обычно, милостиво их обоих благословил. Затем, неожиданно обратившись к отроку Владимиру, он велел ему поцеловать свою палицу. Когда Владимир с благоговением поцеловал висящую на святителе палицу, владыка Филарет громко сказал ему: «Христос Воскресе!» Но мальчик не ответил. Владыка повторил свое приветствие, но ответа не было. Тогда святитель в третий раз сказал: «Христос Воскресе!» И о чудо! Мальчик восторженно ответил: «Воистину Воскресе!»
Возблагодаривши Господа, владыка ушел в алтарь разоблачаться, а Мария Кузьминична с исцеленным сыном осталась наедине. Она не знала, что делать: ее сердце было полно благодарности и к Милосердному Господу; она готова была упасть и к ногам чудотворца владыки; ей хотелось расцеловать и исцеленного дорогого сына…
После исцеления отрока от немоты вопрос о его воспитании был решен легко Марией Кузьминичной. «Если владыка Филарет исцелил моего Володю от немоты, то пусть укажет он мне, как ему дать и дальнейшее воспитание» – так она рассуждала. А владыка Филарет сказал Марии Кузьминичне, чтобы своего сына Владимира отдала на дальнейшее воспитание в Лавру. И вот 2 июля 1853 года Владимир Шепелев, имея 13 лет от роду, напутствуемый благословением матери, поступает в Киево-Печерскую Лавру, сначала в качестве послушника митрополита Филарета.
Владыка Филарет принял очень близкое участие в судьбе своего нового юного послушника. (Тем более естественно было митрополиту Филарету заботиться об отроке Владимире, что мать последнего скончалась через четыре дня после его поступления в Лавру – 6 июля 1853 года.) Он весьма был близок к Киевской духовной академии и к Киевскому университету. Профессора того и другого учебного заведения часто заходили к владыке. Некоторые из них по просьбе митрополита занимались науками с отроком Владимиром. Следы этих занятий были заметны в преподобном Алексии даже в последние годы его жизни. Батюшка о. Алексий знаком был с русской литературой, хорошо знал русскую церковную и гражданскую историю, сведущ был в медицине; нечего уж говорить о Священном Писании, житиях святых и святоотеческой литературе, которые он читал до последних дней своей жизни. Есть основания думать, что он был знаком, а может быть, и хорошо знал латинский язык. Но, заботясь об умственном образовании послушника Владимира, владыка Филарет не забывал и о нравственном его воспитании. Особенно учил его делу милосердия. Митрополит Филарет имел обыкновение перед большими праздниками лично раздавать милостыню бедным жителям Киева.
Зиму Владимир обычно жил в Лавре, а летом с владыкой митрополитом и старцем Парфением уезжал в Голосеевскую пустынь. Но вот старец Парфений отошел к Господу. Это случилось 25 марта 1855 года. Стал и владыка Филарет готовиться к отшествию в иной мир. Болезни его тела говорили ему, что и его день смерти недалек. (Митрополит Филарет скончался в 1857 году.) Нужно было поэтому владыке Филарету подумать об устройстве подросшего уже Владимира в Лавре, вне своих покоев, чтобы он мог и после его смерти жить в святой обители, сделавшейся для него вторым отеческим домом. Побуждаемый такими размышлениями, митрополит Филарет благословил Владимира подать прошение в Духовный Собор Лавры о зачислении его в число послушников Киево-Печерской обители. Резолюцией Духовного Собора от 25 февраля / 6 марта 1856 года просителю дозволено было трудиться в числе временных послушников Лавры при типографии. Благочестивейший Архипастырь, прочитав молитву пред надеванием подрясника, своими руками облачил Владимира в подрясник. Послушник Владимир теперь оставил покои митрополита и поселился в братских кельях. С этого времени для Владимира Шепелева наступает новый период его жизни. Тогда ему шел семнадцатый год.