Преподобный Алексий, в миру Владимир Шепелев, происходил из дворянской семьи города Киева. Отец его, Иоанн Иоаннович Шепелев, в чине капитана служил в Киевском арсенале. По условиям того времени дети дворян обязаны были получать образование в военных школах и после этого проходить службу в офицерском звании. Но Господь Своего избранника чудесным образом отклонил от светской офицерской жизни и направил в монастырь.
Мать о. Алексия, Мария Кузьминична Шепелева, будучи благочестивой женщиной, присутствовала 7 августа 1832 года при открытии мощей святителя Воронежского Митрофана. Архипастырем Воронежской Церкви был тогда архиепископ Антоний (Смирницкий), хорошо знавший по Киеву Марию Кузьминичну Шепелеву. (Архиепископ Антоний был наместником Киево-Печерской Лавры с 1825 г.) Когда Мария Кузьминична представлялась владыке Антонию, то он во время разговора с нею, между прочим, сказал ей: «У тебя родится сын-калека, но не скорби об этом: он будет Божиим слугою». Мария Кузьминична недоумевала. Предсказание, однако, святителя Божия сбылось. Через семь с лишним лет после разговора Марии Кузьминичны с архиепископом Антонием, 14 апреля 1840 года, в первый день Святой Пасхи, у Иоанна Иоанновича и Марии Кузьминичны родился мальчик, которого при крещении назвали Владимиром – в честь благоверного князя Владимира Киевского. (Таинство Крещения над Владимиром было совершено в киевском Николаевском военном соборе 20 апреля того же года священником Илиею Мандровским с диаконом Иоакимом Бринзиным и псаломщиком Стефаном Машкевичем. Восприемниками были киевский комендант генерал-лейтенант А. Л. Пенхеровский и дочь статского советника Е. Ф. Лопухина.) Новорожденный Владимир действительно оказался калекой: он был совершенно немой.
Немота Владимира наводила печаль на семью Шепелевых, и родные его тяготились недостатком ребенка. Одна мать чувствовала в немоте сына особое действие Промысла Божия. (Отец Владимира умер, когда мальчику было всего три года.) Она подолгу молилась и старалась воспитать в своем дитяти христианские чувства. Особенно она старалась научить сына милосердию. Мария Кузьминична водила своего Володю даже по тюрьмам и здесь раздавала милостыню заключенным.
Посещала она с ним и Китаевскую пустынь Киево-Печерской Лавры, где в то время подвизался Христа ради юродивый старец иеросхимонах Феофил. Отец Феофил любил приходивших к нему за благословением и молитвами сына и мать Шепелевых. Однажды, увидев их на дворе пустыни и указывая глазами на маленького Владимира, он скороговоркой произнес: «Ага… монашонок идет, монашонок…» Другой раз о. Феофил призвал мальчика к себе в келью и, давая груду пряников, говорил: «Держи руки… ешь пряники! – Дитя с удовольствием принялось кушать лакомство, а старец только подбадривал его: – Ешь, ешь, вырастешь – не пряники, а Христа принимать будешь». После таких встреч с о. Феофилом Мария Кузьминична стала понимать, что Господь сына ее ведет к священству в монашеском чине.
Между тем подходило время учения. Владимир должен был поступить в одну из школ военного ведомства. Весной 1852 года, когда Владимиру сравнялось 12 лет, его матери прислана была из Петербурга бумага, которой ей вменялось в обязанность привезти своего сына для воспитания в Петербургский Пажеский корпус. Вместе с бумагой были присланы и деньги на проезд. Мария Кузьминична не знала, что делать.
В это время митрополитом Киевским был Высокопреосвященнейший Филарет, святитель святой жизни. Он хорошо знал и немого Володю, и его мать, которая нередко заходила к почитаемому всем Киевом владыке за благословением и советами. Поспешила она и в этом случае к владыке митрополиту за советом. Высокопреосвященнейший Филарет сказал Марии Кузьминичне, чтобы она своего сына не отправляла в корпус, а написала туда, что она своего сына Владимира не может привезти для учения вследствие его немоты. В Петербурге таким ответом удовлетворились и больше Марию Кузьминичну не беспокоили. Так Промыслом Божиим о. Алексий был отстранен от светской офицерской жизни…
Но так же должны были на нем исполниться предсказания архиепископа Воронежского и иеросхимонаха Феофила о том, что он будет «Божиим слугою», что он будет «монахом», «принимающим Христа». Ведь эти слова двух прозорливцев нужно было понимать в том смысле, что Владимир будет не только монахом, но еще и священнослужителем, совершающим таинство Тела и Крови. Но он же был немой!
После освобождения отрока Владимира от необходимости ехать учиться в Петербург Мария Кузьминична стала чаще заходить к митрополиту Филарету с просьбами о молитве за своего немого сына. Владыка митрополит советовал скорбящей матери усилить свою молитву и увеличить милостыню.