6 декабря 1875 года о. Алексий был возведен митрополитом Арсением в сан иеромонаха. Это рукоположение состоялось неожиданно как для самого о. Алексия, так и для окружающих его. 6 декабря, день святителя Николая, был престольным праздником в Николаевском монастыре. В 1875 году в этот день здесь выразил желание служить митрополит Арсений. К этому торжественному дню по указанию лаврского начальства готовились к рукоположению: один монах – в сан иеродиакона и один иеродиакон – в сан иеромонаха. Но вот за несколько дней наместник Лавры, архимандрит Варлаам, видит сон. Ему является святитель Николай и приказывает представить к рукоположению в иеромонахи иеродиакона Алексия. Архимандрит Варлаам рассказывает сон митрополиту Арсению. Митрополит, выслушавши рассказ, распорядился намеченного к рукоположению на 6 декабря иеродиакона оставить до другого праздника, а вместо него подвести иеродиакона Алексия. Так неожиданно и чудно состоялось рукоположение в сан иеромонаха. На него возложили новое послушание, которое он потом нес при разных храмах Лавры до конца своих дней, – это духовничество.
20 августа 1879 года о. Алексий Духовным Собором был переведен с должности ризничего Николаевского монастыря на такое же послушание на Ближние пещеры. Должность ризничего на пещерах для о. Алексия была одним из приятных послушаний. Открывать по утрам раки преподобных, смотреть за чистотою покрывал и гробов, в которых почивали святые мощи, – это для о. Алексия не составляло никакого труда, а доставляло одно духовное утешение. Там, в пещерах, у мощей святых угодников и молитва лилась свободнее из его сердца; там он забывал всё мирское и, всегда видя перед собою нетленно почивающих угодников, невольно стремился к подражанию им.
Насколько о. Алексий был хорошим ризничим, видно из слов начальника Дальних пещер того времени. Когда начальнику Дальних пещер нужен был новый ризничий, он пришел к наместнику Лавры и говорит: «Дайте мне такого ризничего, как вот ризничий Ближних пещер – о. Алексий». Для богомольцев, посещавших во множестве пещеры, о. Алексий всегда был ласков и приветлив. Никто не мог так ласково провести по пещерам и толково рассказать о печерских подвижниках, как это умел делать о. Алексий. Высокопреосвященный Платон, который тогда был митрополитом Киевским, знал об этом и поэтому часто поручал о. Алексию сопровождать по пещерам почетных гостей.
В это время начал Господь посещать о. Алексия Своими дивными знамениями. Служил о. Алексий литургию в Ближних пещерах во Введенской церкви. Во время выноса Святых Даров к народу подходит причащаться Христа ради юродивый старец Паисий. Отец Алексий, когда увидал о. Паисия, даже отступил с Дарами в алтарь от страха: лицо о. Паисия сияло неземным светом!
Другой раз Господь открыл преподобному Алексию день смерти государя Александра II. 1 марта 1881 года о. Алексий совершал Божественную литургию в сослужении иеродиакона Тихона в пещерной церкви Преподобного Антония. По совершении проскомидии перед покрытием дискоса и чаши покровцами взор о. Алексия остановился на частице, вынутой в честь государя Александра II: частица показалась ему не белой, какими были все прочие частицы, а светло-коричневой, как бы облитой вином. Тогда о. Алексий подзывает иеродиакона Тихона и, не говоря ничего о замеченном изменении частицы, спрашивает его, не облил ли он нечаянно при влитии вина в чашу частиц. Иеродиакон заявил, что он вина при влитии его в чашу не проливал. Когда же о. Алексий указал ему на частицу государя и сказал, что она пропитана вином, иеродиакон, посмотревши на частицу, также сказал, что она в вине. Отец Алексий замолчал. Здесь же, в алтаре, случился в это время бывший тогда в Лавре на покое игумен Мелхиседек (раньше – московский протоиерей Михаил, кандидат Московской духовной академии).
Отец Алексий обращает и его внимание на частицу, но она ему показалась вполне белой, как и прочие частицы, а потому он заявил о. Алексию: «Это просто у вас в глазах что-то неладно, а частица ничем не отличается от других». К литургии пришел иеросхимонах Исихий, духовный отец о. Алексия. Тогда о. Алексий подозвал к жертвеннику о. Исихия и показал ему частицу государя, не говоря ничего о том, что сказали по поводу частицы иеродиакон Тихон и игумен Мелхиседек. Иеросхимонаху Исихию частица показалась не белой, а такой же, как и о. Алексию казалась, – светло-коричневой. Он даже взял ее в руки, чтобы лучше рассмотреть. После осмотра частицы он заявил: «Это ее иеродиакон облил вином». В великом смущении и скорби о. Алексий начал божественную службу. Теперь он не сомневался, что частица не была облита вином, а это великое Божие чудо, предзнаменующее какое-либо событие в жизни государя Александра II. Этим событием оказалась смерть Александра II, который в этот именно день был убит в Петербурге.