В предъюбилейные месяцы в Киеве, Москве и Ленинграде прошли три международные научные конференции, посвященные деятельности церкви за всю ее тысячелетнюю историю. В этих конференциях помимо русских и зарубежных богословов и церковных историков участвовали также светские ученые. Было заслушано более двухсот пятидесяти докладов. Материалы конференции, проведенной 21-28 июля 1986 года
в Киеве, опубликованы в 28-м выпуске сборника «Богословские труды». Запланированные на начало лета 1988 года основные церковные торжества, включая праздничное богослужение и благодарственный молебен во всех храмах Русской православной церкви, было решено приурочить к Дню всех святых, в земле Российской просиявших, который, в соответствии с церковным календарем, выпадал на 12 июня.
6 июня открылся в Троице-Сергиевой лавре Поместный Собор, продлившийся до 9 июня. Собор прославил в лике святых ряд подвижников: Дмитрия Донского, Андрея Рублева, Максима Грека, святителей Макария Московского, Игнатия Брянчанинова и Феофана Затворника, преподобных Паисия Величковского и Амвросия Оптинского, блаженную Ксению Петербургскую. Собор принял ряд исторических решений, изменивших унизительное положение Русской Церкви в советском государстве. На нем при всеобщей поддержке были отменены навязанные Архиерейскому собору 1961 года поправки к «Положению об управлении Русской Православной Церковью», лишавшие всякой власти в хозяйственно-финансовой сфере и епископов, и настоятелей приходов. Собор принял новый «Устав об управлении Русской Православной Церкви», который был значительно дополнен и усовершенствован в сравнении с устаревшим «Положением» 1945 года. Было принято положение о необходимости для патриарха советского гражданства (безотносительно к его национальному происхождению). Скорее всего, вспомнилось соборянам выступление на предсоборном совещании 1971 года выступление архиепископа Брюссельского Василия (Кривошеина), в котором он настаивал на том, чтобы выборы были подлинными. На том совещании была выдвинута только одна кандидатура на место предстоятеля РПЦ – митрополита Крутицкого и Коломенского Пимена (Извекова).
В Москву на юбилейные торжества съехались не только участники Поместного Собора, а также пятьсот семнадцать иностранных гостей, в том числе – предстоятели поместных православных церквей: Патриарх Антиохийский Игнатий IV, Патриарх Иерусалимский Диодор, Католикос-Патриарх всея Грузии Илия II, Патриарх Болгарский Максим, архиепископ Кипрский Хризостом I, митрополит Варшавский Василий, митрополит Пражский Дорофей, митрополит всей Америки и Канады Феодосий. Константинопольский Патриарх Димитрий I не прибыл вследствие некоторых разногласий протокольного характера. Торжества в Константинопольской Патриархии, в которых принимала участие делегация от Русской Православной Церкви во главе с архиепископом Смоленским и Вяземским Кириллом, состоялись раньше и были приурочены к Неделе Православия, 28 февраля 1988 года.
Кульминацией праздника стало 12 июня, когда в Москву съехались иерархи почти всех Православных Церквей. На площади только что восстановленного Данилова монастыря была отслужена Божественная литургия, которую совершили: патриарх Антиохийский Игнатий IV, патриарх Иерусалимский Диодор I, патриарх Московский Пимен, католикос-патриарх всей Грузии Илия II, патриарх Румынский Феоктист, патриарх Болгарский Максим, архиепископ Кипрский Хризостом I. Торжества продолжались в Киеве, Ленинграде и Владимире, а после 18 июня – во всех епархиях Русской православной церкви. Основная тяжесть по приему многочисленных иностранных гостей легла на плечи тогдашнего председателя Отдела внешних церковных сношений, митрополита Минского и Белорусского Филарета (Вахромеева). В тот период я часто бывал в Отделе и помню, как напутствовал накануне торжеств своих сотрудников владыка Филарет: «Помните – самое главное, это хорошо встретить, разместить и сытно накормить гостей. И, наконец, достойно проводить!»