В своих дневниках Иоанн упоминал, что неоднократно молился (!) о смерти для Льва Толстого (а фактически проклинал его): «6 сентября 1908 г. Господи, не допусти Льву Толстому, еретику, превзошедшему всех еретиков, достигнуть до праздника Рождества Пресвятой Богородицы, Которую он похулил ужасно и хулит. Возьми его с земли - этот труп зловонный, гордостию своею посмрадивший всю землю. Аминь"; «Господи, убери М. Антония, J. Janitcheva и прочих неверных людей! … Л. Tolst<ого> возьми!» ... (ред. лексика дневников сохранена полностью). После издания Высочайшего манифеста 17 октября 1905 года и последовавшей либерализации цензуры, в русской прессе стали печатать негативные статьи и карикатуры на Иоанна Кронштадтского, порой носившие непристойный и насмешливый характер. Возмущённые такого рода публикациями его почитатели хотели учредить общество для защиты отца Иоанна от нападок прессы, но проект Устава общества не был утверждён митрополитом Антонием (Вадковским), именно его и проклинал, «Господи, убери М. Антония...» предлагая забрать к себе митрополита Антония, так Иоанн проклинал в своём предсмертном дневнике. Куда подевалась главная божья заповедь: «Возлюби ближнего своего, как самого себя»?! Et semel emissum volat irrevocabile verbum (лат.) — И, однажды выпущенное слово, улетает безвозвратно.
— Можно, этот факт считать христианским смирением или покаянием? Нет!
По мнению Надежды Киценко, повесть Николая Лескова «Полуночники», вышедшая в свет в конце 1891 года, была жестокой сатирой, как на самого отца Иоанна, так и его окружение. Критик Аким Волынский в книге «Н. С. Лесков» писал, что автор «Полуночников» посещал Кронштадт и ту «ажидацию» («длительное ожидание», лексика до революционного жаргона), где собирались верующие в чудеса Иоанна Кронштадтского. Негативное отношение Лескова проявилось также в язвительной рукописной записи «Протопоп Иван Сергиев (Кронштадтский) в трёх редакциях» и в письмах к Л. Н. Толстому: «На сих днях он исцелял мою знакомую, молодую даму Жукову и живущего надо мною попа: оба умерли, и он их не хоронил». Там же описываются эпизоды псевдоисцелений и пророчеств царствующих персон: «...как Александру Третьему он предсказал выздоровление, так новорождённому Алексею напророчил долгую жизнь и счастливое царствование... Я дал этому священнику очень несочувственную характеристику в своей книжке о кончине Александра III...», — диалог Николая Михайловича из повести Николая Лескова «Полуночники».
Иоанн Кронштадтский подвергся критике со стороны либеральных и старообрядческих изданий, а также некоторых частных лиц, за свой отъезд, если быть точнее бегство накануне 27 октября 1905 года из Кронштадта в Санкт-Петербург во время Кронштадтского восстания.
С именем Иоанна Кронштадтского связано возникновение религиозного течения - иоанниты. В 1880-е годы из среды почитателей Иоанна Кронштадтского обособилась группа фанатичных поклонников, получившая наименование иоаннитов, которые почитали его за воплотившегося вновь Христа (что расценивалось как разновидность секты хлыстов; были признаны Святейшим синодом как секта 12 апреля 1912 года. Не смотря на отрицание Иоанном своей причастности к иоаннитам он основал и при жизни регулярно финансировал Иоанновский монастырь, согласно записям предсмертного дневника. «...аналогия...церковного движения, внутри коего стоял Иоанн Кронштадтский, с "опаснейшими сектами", вроде хлыстов, изводящими из среды своей живых "христов" и "богородиц". Иоанниты, как всякий понимает, не есть что-то совершенно новое на Руси: Филипп Данилович Хлыстов и ещё некоторые другие их "пророки" возбуждали подобное же около себя движение, почитание, восторг и нарастающую вокруг живого лица мифологию...». (В.В. Розанов «Из воспоминаний и мыслей об Иоанне Кронштадтском»).
Краткая справка:
Иоанниты — псевдоправославная спекулятивная секта, образовавшаяся в Российской империи в начале XX века среди почитателей протоиерея Иоанна Кронштадтского, видевших в нём новое воплощение Христа. Русской православной церковью рассматривалось как одно из течений в хлыстовстве и именовалось хлыстами-киселёвцами. Основную часть иоаннитов составляли женщины. (От автора: не путать с госпитальерами или иоаннитами Иерусалимского, Родосского и Мальтийского суверенного военного странноприимного Ордена).