Во время Нюрнбергского процесса зашла речь как раз о секретных протоколах. Защитник подсудимых Р. Гесса и X. М. Франка адвокат А. Зайдль проделал немалую предварительную работу по приобщению советско-германских секретных протоколов к документам Нюрнбергского суда. Прежде всего по его вызову в Международный трибунал был препровожден в качестве свидетеля бывший начальник юридического отдела германского Министерства иностранных дел Ф. Гаусс. В письменном виде он подробно изложил историю возникновения и само содержание секретных протоколов. Затем, опираясь на эти неопровержимые доказательства, А. Зайдль начал допрос И. Риббентропа.
Между тем, не успел А. Зайдль зачитать начало секретного протокола, как председатель обвинения с советской стороны Р. Руденко выразил протест и потребовал запретить давать ход подобным документам, поскольку суд должен, по его мнению, заниматься рассмотрением преступлений немецких нацистов, а не исследовать политику союзных стран, каковыми являлись на тот момент СССР и Германия. По поводу письменных заявлений Ф. Гаусса Р. Руденко высказался в том духе, что не считает их существенными.
Однако судьи приняли решение заслушать допрос И. Риббентропа; тот рассказал трибуналу о секретных протоколах. Другой свидетель, Э. фон Вейцзеккер (бывший секретарь немецкого МИДа), подтвердил слова И. Риббентропа о содержании секретных протоколов. Р. Руденко вновь подал протест, назвав протоколы фальшивыми. Таким образом, советская сторона делала все возможное и невозможное, чтобы не обнародовать секретные протоколы. Однако, несмотря на то что Международный трибунал не стал приобщать копии протоколов к документам, их содержание, как ни старался Р. Руденко, не удалось сохранить в тайне.
Секретные протоколы к пакту Молотова – Риббентропа, раскрытые на заседании Нюрнбергского процесса, оказались не единственной тайной. Другой загадочной страницей Второй мировой войны стало «Катынское дело». По версии советской стороны, осенью 1941 г. немецкие оккупанты в Катынском лесу под Смоленском расстреляли 11 000 польских пленных офицеров. Советские обвинители предоставили «Сообщение Специальной комиссии по установлению и расследованию обстоятельств расстрела немецко-фашистскими захватчиками пленных польских офицеров в Катынском лесу». По всей видимости, советские юристы решили, что 21-я статья Устава Международного военного трибунала позволит механически принять данный документ, поскольку «официальные правительственные документы и документы комитетов, созданных в союзных странах для расследования военных преступлений», принимаются судом без доказательств. Однако, как показало последовавшее судебное разбирательство, инициированное защитником Г. Геринга, немецкая сторона намеревалась опровергнуть обвинение Советского Союза. Советские обвинители не были готовы к такому повороту событий и подали протест.
Однако они получили ответ, из которого следовало, что в этом случае произойдет ущемление прав подсудимых. Поэтому по решению суда немецкая и советская стороны могли вызвать по три свидетеля. Главным свидетелем защиты с немецкой стороны был Ф. Аренс, полк которого осенью 1941 г. находился в Катынском лесу. Он рассказал, что несколько солдат его полка связи говорили между собой о том, что в лесу как будто бы совершались расстрелы. Медики, приписанные к его полку, утверждали, что кости, находившиеся в нем, человеческие. Затем защитник Г. Геринга, адвокат О. Штамер, спросил Ф. Аренса, получал ли он из Берлина или отдавал сам лично приказ расстрелять военных поляков. Ф. Аренс дал отрицательный ответ; кроме того, он ручался, что и его предшественник, полковник А. Беденк, не получал и не выполнял подобного приказа. Потом Ф. Аренс рассказал, что по поручению командования фронтом в лесу были проведены раскопки, поскольку слухи о расстрелах дошли до высших чинов, и что был найден польский дневник, последняя запись которого была датирована весной 1940 г.