Казаки предложили три кандидатуры: князь Д. Т. Трубецкой, князь Д. М. Черкасский (оба — опальные) и мальчик Михаил Фёдорович Романов. В апреле 1613 года Михаил был избран царём. Шведский посланник доносил из Москвы, что казаки осадили дворы бояр и силой заставили избрать Михаила. (Уж наверное не только силой; кого-то и уговорили, да и многие бояре одобряли такой выбор). «Хронограф» второй половины XVII века упоминает, что за избрание Романова высказался на соборе донской атаман. Чем казакам нравился этот вариант? Формально они ссылались на то, что он наиболее законен, ибо его отца, патриарха Филарета, в своё время благословил царь Фёдор. Наверное, важнее было то, что Филарет в своё время пострадал от Годунова и был сторонником Лжедмитрия II. А путешественник Жак Маржерет докладывал английскому королю Иакову I, что казаки просто рассчитывают манипулировать новым царём. Отчасти их расчёт оправдался. От Земского собора совместно с Духовным собором они получили грамоту: «А за свою нынешнюю и прежнюю многую службу вы, Донские казаки, от всемогущего Бога милости, а от царя Михаила великое жалование, от всяких людей Московского государства и от окрестных государств честь и славу и похвалу будете иметь». Казакам было разрешено ездить в какие угодно русские города. Сношения с ними перешли в ведение Посольского приказа. От Михаила они регулярно получали всяческие похвалы, он пожаловал их знаменем. Было ли всё это так уж хорошо для казаков? Н. И. Костомаров: «До эпохи самозванцев козачество, по-видимому, готовилось образовать отдельное общество в русских южных краях и хотело только укрыться с своею независимостью от северного единовластия; но, вмешавшись в дела Москвы в начале XVII века, оно вошло в неразрывную связь с нею...»
Ещё несколько лет отряды казаков шатались повсюду и занимались грабежом, но всё затихло в 1618-м, когда Михаил стал выплачивать Дону жалованье регулярно, а не эпизодически. Тогда казаки стали ходить на Чёрное море, грабить Крым и турецкие земли; в конце концов, после угроз турецкого султана и крымского хана, Михаил решил порвать с казаками и в 1630 году отправил им грамоту, извещавшую о их отлучении от церкви. Казаки посыльного убили, и два года между Доном и Москвой не было отношений, но в 1633-м, когда случилась новая война с Речью Посполитой, Михаил позвал казаков на помощь — помирились. В 1641—1642 годах донцы и запорожцы служили Москве, обороняя Азов от крымского хана; по легендам, в «азовском сиденьи» участвовали либо Тимофей Разя, либо его сын Иван, либо Степан, а то и все вместе. В 1653 году гетман Богдан Хмельницкий, не ладивший с поляками, упросил принять украинские территории под протекторат Москвы, и до 1667 года тянулся конфликт с поляками: воевать казакам было где. (Бывало, что и Москва помогала казакам: в 1648 году по просьбе донского правительства был прислан для защиты от набегов отлично экипированный отряд в тысячу солдат, набранных из вольных людей сроком службы на один год, голова отряда — дворянин Лазарев).
Тут выходит на сцену одна интересная, связанная с разинскими делами, фигура. Царь Алексей Михайлович хотел объединения русской церкви с греческой и, соответственно, согласования обрядов с греческими образцами. Властолюбивый и энергичный патриарх Никон, ранее не терпевший греков, сделал то, чего хотел царь, но за это выговорил для себя полную свободу от светской власти (и в два с половиной раза увеличил свою личную собственность); царь сперва терпел, потом они поссорились, и в 1666 году был созван собор, чтобы судить Никона: его признали виновным в произнесении хулы на царя и церковь, лишили сана и сослали в Ферапонтов монастырь. До этого в народе Никона за его новаторство и стяжательство не любили, но к свергнутым отношение иное: легла одна из козырных карт будущей смуты.
Во второй половине XVII века из-за экономических проблем было много локальных мятежей в городах (именно в городах, запомним это): в 1648 году — в Москве, Устюге, Козлове, Сольвычегодске, в 1649-м снова в Москве, в 1650-м в Новгороде и Пскове, в 1662-м по всей стране; после подавления беспорядков уцелевшие участники пополняли ряды казаков на Дону, других ссылали на Волгу. Сами казаки время от времени пускались в пиратство: яицкий атаман Иван Кондырев наводил страх на Каспийском море в начале 1660-х, его земляк, пират Парфён Иванов, незадолго до этого дошёл с Волги до Персии.
Молодой Степан Разин, кажется, в это время был вполне благонравным казаком. Савельев (чистейшая выдумка): «Молодость свою Разин провёл, как и все казаки, в походах и битвах с неприятелем. В 1646 г. он участвовал в морском поиске казаков на берегах Тавриды, а в следующем году при защите Черкаска от нападения азовцев; в одной из вылазок раненый попал в плен и два года томился в азовской земляной тюрьме, откуда успел бежать. За выдающийся ум и отвагу Войсковой Круг наградил Разина почётным званием старшины». (Н. И. Костомаров: «Народное предание говорит, что Стенька прежде того был гонцом к турецкому султану и попался в плен в Азове»).