Ещё 1 августа был дан царский указ воеводе Юрию Долгорукову о посылке его с полком против Разина (Крестьянская война. Т. 2.4.1. Док. 1). Это был первый серьёзный шаг Москвы после получения известия о падении Астрахани. Стрельцы на местах явно ни на что не годились, воевода Урусов, стоявший с полком в Казани, почему-то бездействовал — вся надежда была на Долгорукова, и с ним посылалось целое войско, которое должно было состоять из стрельцов, дворянского ополчения и ратных полков нового строя (обученных иностранцами). «Северный Меркурий» в номере от 19 октября сообщал не без злорадства: «Вся Москва его [Разина] боится, и никто не хочет идти против него вместе с Долгоруковым. Для создания настоящей армии не хватает денег, так как их забрали жадные до золота чужеземные патриархи, которых царь с большими издержками выписал из Константинополя, Антиохии и Иерусалима, чтобы рассмотреть учение и дела прежнего московского патриарха»; Разин же «так же, как и Томазо Аньелло[74], высоко чтит своего государя и говорит, что против него ничего не имеет, а лишь против Долгорукова и некоторых его офицеров».
Не выяснено общее количество людей у Долгорукова; царские грамоты с требованием прислать людей были направлены в десятки городов, но точное количество присланных не указывается. Но одних только стрельцов у Долгорукова было около четырёх тысяч. Вышел он из Москвы 1 сентября и отправился через Муром на Алатырь — там ждали появления Разина. С. П. Злобин:
«После того как Харитонов прислал весть о дворянских сборах, атаманы задумчиво покачали головами, глядя на косы, рожны и вилы, которых в войске было в десять раз больше, чем пищалей и мушкетов, страшась за свой разношёрстный сброд, среди которого многие не умели насыпать порох на полку и не владели саблей.
— Батька, мы на смерть ведь идём! — сказал Наумов Степану, когда остальные отстали от них. — Ты гляди, батька, Волга наша. Сколь городов: Камышин, Царицын, Астрахань... Яицко устье, захочешь, и тоже наше. Куды нам ещё?! Тут бы и ставить рубеж понизовых казаков... Дон к нам пристанет, Хопёр, Медведица, там — Донец, Запорожье. Куды ещё больше! Слыхал ты, чай, сказку, как воронёнок зарился на барана!.. <...>
— Мыслишь, бояре без драки тебе понизовья оставят?!
— Не один я так мыслю, Степан Тимофеич, — оправдываясь, сказал Наумов. — Так ведь и все казаки говорят. Сказывают — зря ты на Москву разгорелся: тебе в битвах славы искать, а казакам-де Москва к чему?!»
На первый взгляд действительно не понятно, почему Разин не удовольствовался возможностью быть «хозяином Волги». Но он в романе отвечает собеседнику совершенно логично: Москва бы не позволила парализовать свою торговлю. С другой стороны, почему бы, овладев волжскими городами, не успокоиться, не прекратить пиратство, не заключить с царём мир? Если есть доля правды в сообщениях иностранных газет о четырёх или шести ультимативных требованиях, предъявленных царю, Разин и не прочь был бы удовольствоваться Волгой. Но реакцией Москвы стал сбор ополчения. Поздно уже было мириться, деваться некуда.
В помощь саратовскому воеводе Лутохину прислали из Казани и Самары 500 стрельцов, но это не помогло. Стрельцы ушли обратно, а местные подняли бунт и 15 августа встречали Разина «хлебом-солью». Воеводу убили — то ли по приказу Разина, то ли по решению круга. Городским атаманом стал казак Григорий Савельев (возможно, и кто-то из горожан входил в «руководящие органы», но сведений об этом не сохранилось). Взяли казну — часть опять отправили на Дон. По легенде, Разин любил сиживать на одном из утёсов близ Саратова в кресле из слоновой кости, оттуда руководил пиратами и где-то там зарыл, естественно, клад; саратовцы также считают, что именно будучи у них Разин утопил княжну.
Пробыв в Саратове несколько дней (тут разные числа называются, но по логике это было в середине — конце августа), войско Разина двинулось к Самаре. Там обстановка была сложнее: часть горожан хотела сдаться Разину, часть — не хотела. Мятежников было больше, и они захватили посад и слободы, но не могли прорваться в крепость, где находился войсковой гарнизон. То ли подошедшие разинцы помогли, то ли самарцы сами справились (саратовские краеведы пишут, что на сторону восставших перешли два стрелецких сотника со своими людьми), но результат был тот же, что и везде: казнили воеводу и стрелецких голов, сожгли документацию, провозгласили свободу от податей, налогов и долгов, оставили начальство: горожанина Игошку Говорухина и казака Ивана Константинова.