После преодоления «торпедного кризиса», после того как последняя надежда Гитлера на заключение мирного соглашения в июле 1940 года угасла, начался второй этап усиленной подводной войны. Немецкое высшее руководство уже поняло, что Англия не пойдет на примирение. Но по-прежнему и речи не было о том, чтобы сосредоточить все силы на подводной войне. Гитлер планировал высадку десанта в Англии; мощное наступление с воздуха должно было обеспечить господство в воздушном пространстве над островом. Главное командование военно-морским флотом твердо придерживалось принципа ведения комбинированной войны на море с применением имеющихся в наличии броненосцев, многочисленных вспомогательных крейсеров и подводного флота.
Все-таки второй этап войны с июля 1940 года по май 1941 года приносил Дёницу, время от времени, серьезные успехи. Французский военно-морской флот был нейтрализован, в результате активной обороны выведены из строя легкие британские подводные лодки, повсюду строились опорные военно-морские базы. Все это давало подводным силам хорошие шансы. В июле 1940 года подводными лодками было потоплено кораблей суммарным водоизмещением 194 122 брутто-регистровые тонны, в октябре 1940 года 61 боевая подводная лодка записала на свой счет уже 344 513 тонн. У входа в так называемый Северный канал в Атлантике состоялась первая боевая операция с применением групповой тактики, имевшая успех. После этого Соединенные Штаты Америки передали дружественной Англии 50 эскадренных миноносцев для сопровождения транспортных кораблей, а в следующем 1941 году эта помощь возросла, и стало ясно, что американцы не будут спокойно наблюдать со стороны за возможным поражением Англии в транспортной войне. Таким образом, в смертельную игру вступила вторая по величине мировая морская держава.
Теория Дёница об «экономичном применении» подводных лодок с концентрацией всех имеющихся, хотя и все еще в недостаточном количестве, подводных лодок на одном направлении главного удара в целом потерпела неудачу. Зимой 1940–1941 года германский военно-морской флот и сухопутные войска вынуждены были выделить часть сил для Италии, которая потерпела тяжелое поражение в Северной Африке в боях против англичан. 23, а некоторое время спустя 25 подводных лодок были задействованы на этом театре военных действий, что являлось, по мнению Дёница, непростительным распылением сил. Но против воли Гитлера, которого поддерживали главное командование военно-морских сил и руководство боевыми операциями на море, ничего нельзя было поделать. К тому же какое-то количество подводных лодок было оставлено у берегов Северной Норвегии, так как Гитлер полагал, что Англия может предпринять здесь новое наступление.
Решающая битва в Атлантике продолжалась, но в ней участвовали далеко не все подлодки. Дёниц был убежден, что если бы война с применением подводного флота продолжалась в полную силу, представляя собой постоянную угрозу для «Western Approaches», то удалось бы заставить британское руководство, ввиду больших потерь грузов, сократить пополнение своих войск в Северной Африке, не говоря уже о том, что успех в крупнотоннажной войне парализовал бы всякую высадку войск в Европе.
Зимой 1940–1941 года успехов подводных лодок в атлантической войне было гораздо меньше. Британско-канадские корабли конвоя наверстывали упущенное. Были и трагические потери. 7 марта 1941 года группа из четырех подводных лодок атаковала конвой ОВ-293. Подводная лодка U-47 под командованием капитан-лейтенанта Прина, ставшего в Германии героем, исчезла бесследно. U-70 была потоплена, U-99, где командиром был капитан-лейтенант Кречмер, считавшийся асом подводных сил, после упорного сражения вынуждена была сдаться; он потопил подводную лодку и вместе с командой обрек себя на плен, что было из ряда вон выходящим событием. В общей сложности в марте 1941 года подводные силы потеряли пять подводных лодок.
Оперативное искусство ведения подводных боевых действий состояло в том, чтобы, меняя направления главного удара, заставлять противника менять позиции в разных районах моря. После захвата североатлантических маршрутов Дёниц переместил главную точку применения сил на запад. С весны 1941 года все тяготы транспортной войны пали на подводный флот, к тому времени в нужном объеме материально не подготовленный. Последний большой рейд кораблей: только что поступившего в распоряжение военно-морских сил линейного корабля «Бисмарк» и нового тяжелого крейсера «Принц Ейген», командование которыми приняли на себя лично флоттеншеф адмирал Лютенс, — потерпел неудачу. Адмирал Лютенс пошел ко дну вместе с «Бисмарком» («Бисмарк» тогда являлся самым мощным кораблем в мире. Вооруженный восемью 380-миллиметровыми орудиями главного калибра, защищенный сильной броней и хорошими средствами противовоздушной обороны, он наводил страх в океане.