Часть проблем новых подводных лодок разрешилась до 1939 года, другая осталась нерешенной. Осенью 1938 года сгустились тучи. Вследствие развязанной Гитлером кампании против Чехословакии, которую он принуждал возвратить Судетскую область или согласно его воле быть полностью разбитой, в первый раз возникла серьезная опасность новой войны между Германией и Англией. Главное командование военно-морского флота создало специальную комиссию для изучения всех связанных с данной ситуацией вопросов. Традиционная школа океанского флота была еще очень сильна. Согласно ее воззрениям в случае войны подводным лодкам оставался только поединок; размышляли также и над комбинированной войной с английскими транспортами с применением надводного флота и подводных лодок. Дёниц требовал полного использования разрешенного общего тоннажа подводных лодок в 24 000 тонн для постройки средних подводных лодок, способных действовать в океане. По его мнению, это были самые лучшие подводные лодки на то время.
Задача по восстановлению и строительству подводного военно-морского флота требовала концентрации всех сил. Человек такого склада, как Дёниц, посвятил всего себя выполнению порученного задания, используя все доступные ему средства и возможности. Он видел только то, что имело отношение к морю, совершенно не замечая происходящего на суше. Само собой разумеется, корпус офицеров военно-морского флота подчинялся главе государства, фюреру, которому дал военную присягу. Это не означало, что каждый должен был подчиняться НСДАП (национал-социалистическая рабочая партия Германии). Конечно, правящая партия для них существовала, но на равных с военно-морским флотом. Однако такое положение едва ли соответствовало теории «двух столпов», под которой подразумевались вермахт (вооруженные силы) и партия как основа нового национального режима, на которую сделали свою ставку рейхсминистр вооруженных сил фон Бломберг и главнокомандующий сухопутными войсками генерал-полковник фон Фрич, рассчитывая на согласие фюрера. Опасность возникновения гражданской войны в 1931–1932 годах миновала, что повсюду вызвало вздох облегчения. В главном штабе военно-морской базы на Северном море в 1932 году обсуждалась проблема участия военно-морского флота рейха при подавлении внутренних беспорядков. Рейхсканцлер фон Папен хотел покончить как с НСДАП, так и с Коммунистической партией Германии. Адмирал Тилессен и его начальник штаба капитан Канарис были убеждены, что для решения такой задачи недостаточно применения вооруженных сил имперских сухопутных войск и военно-морского флота.
Опасность такого рода теперь была устранена. Но на какие бесчинства был способен новый партийный режим, стало ясно и морским офицерам в Киле, когда в ночь с 8 на 9 ноября 1939 года по всей стране был учинен дикий погром немецких евреев жгли синагоги, грабили жилища. Командующий подводными силами и его офицеры квалифицировали эти действия как противозаконные и отвратительные, а Дёниц заявил письменный протест на имя командующего флотом. Тот передал этот протест главнокомандующему. Это было все, что мог тогда сделать капитан, первого ранга. Немного, конечно; впрочем, и позиция адмирала Редера по отношению к Гитлеру не отличалась жестокостью.
Осенью 1938 года в распоряжение командующего подводными силами прибыл капитан первого ранга фон Фридебург. Дёниц должен был ввести его в курс дел как своего преемника. На 1940 год было предусмотрено, что Дёниц на адмиральской должности во главе эскадры, состоящей из четырех новых крейсеров, отправится в кругосветное плавание. Много позже в своих воспоминаниях он неоднократно подчеркивал, что в то время, когда подводный флот снова набрал силу, никто и вообразить себе не мог, какую роль ему придется сыграть в будущей войне. В 1935 году вообще трудно было представить, что четыре года спустя Гитлер втянет мир в пучину новой мировой войны.