Тревога в столице не улеглась. В городе много толковали о знамениях, предвещавших новые беды. Когда труп самозванца везли через крепостные ворота, налетевшая буря сорвала с них верх. Потом грянули холода, и вся зелень в городе пожухла. Из уст в уста люди передавали вести о чудесах, творившихся подле трупа «Дмитрия». Ночные сторожа видели, как по обеим сторонам стола, на котором лежал царь, из земли появлялись огни. Едва сторожа приближались, огни исчезали, а когда удалялись — загорались вновь. Среди глухой ночи прохожие, оказавшиеся на Красной площади, слышали над окаянным трупом
Немецкий купец Г. Паэрле записал слух о том, что пепел убитого царя собрали, зарядили в пушку и выстрелили. Недостоверность этого слуха очевидна. Прах Отрепьева невозможно было отделить от углей и пепла сожженной крепостицы. Буссов и другие авторы кратко отмечают, что прах Лжедмитрия был развеян по ветру.
Что бы ни предпринимали власти, им не удалось успокоить народ. Сторонники Лжедмитрия, преодолев растерянность и замешательство, стали готовить почву для свержения Шуйского. По-видимому, они надеялись спровоцировать беспорядки в столице, направленные против власть имущих, а также против «литвы», с тем чтобы осуществить контрпереворот.
Однажды ночью, рассказывает капитан дворцовой стражи Я. Маржарет, на воротах дворов, принадлежавших дворянам и иностранцам, появились пометы и надписи, что царь велит народу разорить меченые дома предателей. Примерно тогда же на улицах появились подметные письма от имени «Дмитрия». Пан Хвалибога, дворцовый служитель Лжедмитрия, сообщил об этом эпизоде более подробно:
Появление подметных листов в городе, призывы перебить дворян и «литву» возымели действие. В воскресенье 25 мая (4 июня), повествует Г. Паэрле, в Москве произошли страшные волнения: народ потребовал от бояр ответа, почему умерщвлен истинный государь Дмитрий. Паэрле находился под стражей на польском дворе и знал о событиях по слухам. В отличие от него Маржарет был в Кремле подле царской особы и описал происходящее как очевидец. Заговорщики, свергнувшие самозванца, подтолкнули москвичей к мятежу, действуя именем царя Дмитрия. Теперь противники Шуйского пытались использовать тот же прием. Они созвали огромную толпу на Красной площади, якобы по указу царя Василия. Если бы Шуйский, ничего не ведая, вышел тогда на площадь, свидетельствует Маржарет,
Собрав оказавшихся под рукой бояр и приказав привести к себе тех, кто затеял «сказанное собрание», т. е. вожаков толпы, царь Василий стал упрекать их со слезами на глазах. Под конец он пригрозил думе, что отречется от трона, и в подтверждение своих слов тут же снял царскую шапку и сложил посох. Угроза произвела впечатление. Собравшиеся выразили покорность. Тогда царь не мешкая подхватил посох, служивший символом власти, и потребовал наказать виновных.