Вопрос, кому наследовать опустевший трон, вызвал яростные распри. При жизни Лжедмитрия бояре-заговорщики тайно обещали царскую корону Владиславу, сыну Сигизмунда III. Бесчинства наемного войска Ю. Мнишека и последовавшие затем народные волнения, сопровождавшиеся избиениями поляков, привели к тому, что вопрос о передаче трона иноверному королевичу отпал сам собой. Ситуация в Польше претерпела перемену, и боярам нетрудно было отказаться от своих обещаний королю. Борьба с оппозицией в Польше поглощала все силы Сигизмунда III, и Москве не приходилось опасаться вооруженного вмешательства извне.
Решение избрать государя из московской знати породило споры, которым не видно было конца. «Почал (начал) на Москве мятеж быти во многих боярех, — записал современник, — а захотели многие на царство». Корону оспаривали глава думы Ф. И. Мстиславский, заговорщики князья Шуйские и Голицыны, Романовы и другие бояре. Все они наперебой вербовали себе сторонников в думе и среди столичного населения. Дворяне же поддерживали тех, кого они знали лично и кто их жаловал. Боярская дума обсуждала возможность созыва в Москве Земского собора, на котором присутствовали бы представители от всех городов. Но этот проект не был осуществлен. Даже в официальных грамотах о воцарении Шуйского власти ни слова не упомянули о вызове в Москву представителей с мест.
В летописи можно найти рассказ о том, что дума в конце концов выбрала двух кандидатов — бояр Ф. И. Мстиславского и В. И. Шуйского, после чего их вывели на Красную площадь и спросили народ, кто из них достоин занять царский трон. Этот рассказ лишен достоверности. В действительности Боярская дума так и не смогла принять единого решения, потому что она раскололась на множество соперничавших группировок. Избрание главы государства было исключительной прерогативой думы и бояр, поэтому невероятно, чтобы члены думы согласились предоставить последнее слово народу — «черни».
Осведомленный современник Авраамий Палицын утверждал, что инициатива избрания Василия Шуйского принадлежала «малым неким от царских палат», то есть младшим членам думы, которые действовали вопреки воле главных вельмож. Другой очевидец, дьяк Иван Тимофеев, прямо назвал имя человека, более всего способствовавшего успеху Шуйских. То был окольничий Михаил Татищев, один из руководителей заговора против Лжедмитрия I. Татищевы сделали карьеру в опричнине. Они помогли взойти на трон Борису Годунову. Теперь им пригодился полученный опыт. По инициативе Михаила Татищева сторонники князя Василия Шуйского собрались на княжеском дворе и после недолгого совещания объявили о его избрании на трон. Иван Тимофеев желчно бранил Шуйского за неприличную поспешность. Боярин князь Василий, писал Тимофеев, воцарился так поспешно, как только позволили «скорость» и проворство Михалки Татищева. Избирательной кампании Шуйского недоставало размаха и блеска, характерных для кампании Бориса. В пользу Годунова выступил патриарх Иов. К моменту избрания князя Василия русская церковь лишилась главы. В пользу Шуйского деятельно агитировал крутицкий митрополит Пафнутий. Но в официальной иерархии он занимал далеко не первое место. Из бояр на подворье Шуйских собрались лишь братья претендента Дмитрий и Иван, его племянник князь М. В. Скопин, окольничий И. Ф. Крюк-Колычев, несколько Головиных (они первыми получили от Василия думные чины), купцы Мыльниковы и другие. В совещании участвовали те же лица, которые составили заговор против самозванца. Но круг сообщников теперь резко сузился. У Голицыных, Куракиных и другой знати были свои планы в отношении трона.
На подворье Шуйского были составлены два кратких документа: крестоцеловальная запись князя Василия и другая, «по которой записи целовали бояре и вся земля». Составители записей считали излишним доказывать родство претендента с угасшей династией Грозного. Они отметили лишь, что все его прародители — от Рюрика до Александра Невского — испокон веку сидели на «Российском государстве», потом же его род «на Суздальской удел разделишась, не отнятием и не от неволи». Сторонники князя Василия допустили небольшую неточность. Суздальские князья происходили от младшего брата Александра Невского Андрея. Но Шуйским нужно было имя самого популярного из древнерусских князей.