По традиции дума являлась высшей судебной инстанцией в государстве. Грозному пришлось ввести опричнину, чтобы узаконить свои опалы и конфискации. Запись Шуйского символизировала возврат к традиции, нарушенной опричниной. Царь Василий обязался уважать традицию и клятвенно обещал, что никого не казнит смертью,
После царского наречения власти должны были позаботиться об избрании главы церкви. Приверженцем Шуйского был крутицкий митрополит Пафнутий, давний покровитель Отрепьева в Чудовом монастыре. Он сыграл не последнюю роль в избрании князя Василия на трон. Теперь он рассчитывал разделить с ним плоды его успеха. Но когда дума и Священный собор начали совещаться насчет избрания патриарха, сторонники Шуйского оказались в трудном положении. Им не удалось провести на патриарший престол Пафнутия. Не прошла также и кандидатура Гермогена, самого рьяного из противников Лжедмитрия. В конце концов дума и высшее духовенство пошли на компромисс и решили возвести на патриарший престол представителя знатной боярской семьи Филарета Романова.
После свержения Годуновых Романов был освобожден из заточения. Но Лжедмитрий I не спешил приблизить ко двору семью, которой некогда сам служил как кабальный холоп. Вплоть до апреля 1606 года старец Филарет жил не удел в Троице-Сергиевом монастыре. Лишь в последние недели своего недолгого правления Отрепьев в страхе перед могущественной боярской аристократией пытался найти поддержку у Романовых. Останки опальных Романовых были извлечены из земли и перевезены в Москву для захоронения. Самозванец не оставил своими милостями даже малолетнего сына Филарета. В царской казне хранились
Почему при выборе патриарха дума и духовенство отдали предпочтение Филарету Романову, получившему сан митрополита из рук Лжедмитрия? Очевидно, в думе оставалось слишком много людей, всецело обязанных Отрепьеву карьерой. Они боялись за свое будущее и избегали крутых перемен. Матерью Ф. Н. Романова была княжна Е. А. Горбатая-Шуйская. Как некогда Борис Годунов после своего избрания, так и Василий Шуйский одинаково пытались привлечь на свою сторону род Романовых. Но ни тому, ни другому это не удалось.
Вдень наречения на царство Василий Шуйский велел убрать тело Лжедмитрия с Красной площади. Труп Отрепьева привязали к лошади и выволокли в поле за Серпуховские, или Болвановские, ворота. Там его бросили в «Убогий дом», куда собирали умерших бездомных бродяг, которых некому было хоронить. «Убогий дом» был переполнен до краев. Туда доставили всех погибших в день кровавого переворота, три дня валявшихся на улицах столицы для устрашения сторонников Лжедмитрия. Исключение было сделано для одного Петра Басманова. Царь Василий разрешил Ивану Голицыну похоронить Петра Басманова в ограде семейной церкви.