Начавшаяся 1 сентября 1939 г. война застает С. И. Гессена в Варшаве. Избежав гибели во время немецкой бомбардировки города, он эвакуируется с университетом в Лодзь. Во время войны живет в Варшаве и близ нее. Продолжает вести педагогическую деятельность в нелегальных учебных группах. Работает над книгой «Мнимое и подлинное преодоление капитализма» (рукопись погибла). Во время Варшавского восстания в августе-сентябре 1944 г. сгорел дом Гессена; погибли его архив, библиотека, рукописи ряда завершенных уже трудов и обширная переписка, в том числе и письма Дж. Ломбардо-Радиче. После войны он узнает страшную правду о гибели своей первой жены и старшего сына. Евгений был схвачен гитлеровцами в Праге, отправлен в концлагерь Терезин, а затем в сентябре 1944 г. в Освенцим, где и погиб в 1945 г. Вместе с Евгением была схвачена и его мать Нина Лазаревна. Она погибла в одном из концлагерей г. Терезин, поскольку вела себя, с точки зрения нацистов, вызывающе – выставляла напоказ свое раввинское происхождение.
Младший сын Дмитрий в 1939 г. был призван в польскую армию, участвовал в боях с немцами, попал в плен, из которого сумел бежать. Занимался подпольной деятельностью. После войны работал в польском МИДе, а затем в министерстве культуры. Длительное время занимался научным трудом, в котором сопоставляются «крылатые слова» русского и польского языков. Был соавтором при составлении «Большого польско-русского словаря», выдержавшего несколько изданий.
1945–1950
В конце марта 1945 г. С. И. Гессен переезжает в Лодзь по приглашению ректора университета Т. Котарбинского, где до своей кончины заведует кафедрой истории педагогики. Работает над книгой «Существо права и его назначение». А. Валицкий вспоминает, что в связи с усиливающейся с конца 1940-х гг. сталинизацией университетской жизни в Польше Гессен подвергался нападкам как «реакционный эмигрант» и что эта травля омрачила и сократила его жизнь.
В 1946 г. читает курс лекций «Философия Платона», «Философия Аристотеля», «Философия Руссо».
В 1947–1948 гг. читает курс философии права на юридическом факультете университета. Пишет автобиографию по заказу итальянского издательства «Аую».
В 1949 г. принимает участие в разработке Декларации прав человека ООН.
2 мая 1950 г. С. И. Гессена не стало. Похоронен по православному обряду на Лодзинском православном кладбище. Позднее по желанию жены его прах был перенесен в Варшаву.
1993
В 1993 г. появляется первая публикация С. И. Гессена в России.
Библиография трудов С. И. Гессена
1908
[Пер.:]
1909
Aleksander Herzen // Von Messias. Kulturphilosophische Essays. Leipzig, 1909.
Indnviduelle Kausalität. Studien zum transzendentalen Empirismus. Berlin, 1909. XI+151 s.
1910
От редакции / В соавт. с Ф.А Степуном // Логос. 1910.
Кн. 1. С. 1–16.
Мистика и метафизика // Там же. С. 118–156.
[Рец.:]
[Рец.:]
1910. 237 с. // Там же. С. 273 (подпись: S.).
[Рец.:]
[Рец.:]
[Рец.:]
Политические идеи жирондистов // Русская мысль. 1910. № 9. С. 32–62.
[Рец.:]
[Рец.:]
1911
Неославянофильство в философии // Речь. 1911. № 243. 5 сентября.
[Рец.:]
[Рец.:]
[Рец.:]
1911. 125 с. // Логос. 1911. Кн. 1. С. 221–222.
[Рец.:]
[Рец.:]