Санитарное дело уже по своему существу не могло быть чуждым С. П. Боткину как современному клиницисту, и он всегда охотно принимал участие в обсуждении санитарных вопросов, соприкасавшихся с врачебной помощью заболевшим. Когда в конце 1881 года врачебная община, наблюдавшая за школьно-санитарным надзором в городских училищах, решительно отказалась продолжать вести дело в 1882 году за сумму, ассигнованную на этот предмет думою, то городская училищная комиссия вынуждена была немедленно организовать свой особый школьно-санитарный надзор. Приглашены были для того пятеро женщин-врачей, так как средства были слишком скудны, и из врачей-мужчин желающих взяться за это дело не находилось. На медикаменты было ассигновано думою всего 500 рублей– сумма крайне ничтожная; на каждую школу причиталось всего по несколько рублей. В это время уже разгоралась эпидемия скарлатины и дифтерита, в особенности среди детского населения Петербурга. Необходимо было снабдить школьных врачей аппаратами для исследования горла и для применения лекарственных веществ, снабдив их в то же время ручными небольшими аптеками. Каталог медикаментов мог быть составлен только самый ограниченный, способный вызвать улыбку у врачей-практиков, привыкших выписывать лекарства сразу на несколько рублей для одного больного. Обсуждать подобный каталог медикаментов С. П. Боткин не только не отказывался, но даже принял самое живое участие в прениях, терпеливо выслушивал возражения, как бы они ни были неосновательны, только изредка делал меткие указания, в чем должно заключаться истинное призвание врачей, в особенности школьных. И после того, приняв на себя звание председателя субкомиссии по школьно-санитарному надзору, он охотно посещал ее заседания, и, несомненно, ему обязано это благое дело постановкою на правильных, разумных основаниях».
Далее в своем докладе г-н Лихачев рассказывает о борьбе с эпидемиями дифтерита и скарлатины, вспыхнувшими в Петербурге весной 1882 года; со стороны думы потребовалась широкая организация врачебной помощи низшим слоям населения, и комиссия общественного здравия выработала план такой помощи, установив повизитную плату врачам за посещение больного на дому в 30 копеек, а в ночное время – в 60. Размер такой малой повизитной платы противоречил корпоративному духу и традициям врачей-практиков и, конечно, не находил в них сочувствия. Тем не менее, Боткин согласился с основательностью доводов комиссии и присоединил свой голос в пользу проекта, подвергаясь за это несправедливым нареканиям. Ради блага нуждающегося населения он решился навлечь на себя временное неудовольствие врачей-практиков, надеясь, что думские врачи оправдают возложенные на них ожидания, что и подтвердилось на деле в весьма скором времени. Борьба с эпидемией дифтерита и скарлатины при совместных усилиях столичной администрации и городского общественного управления, при содействии практикующих в Петербурге врачей увенчалась полным успехом, а благодаря рациональному распределению врачебных сил и средств под руководством С. П. Боткина потребовала со стороны города небольшой денежной затраты.
«Во все время своего почти девятилетнего пребывания в составе городского общественного управления С. П. Боткин не переставал принимать самое горячее участие во всех вопросах, касающихся оздоровления столицы путем санитарных мероприятий и улучшения больничного дела, вникал в подробности вырабатывавшихся проектов новых больниц, следил за более целесообразным распределением больных, в особенности хроников, по лечебным заведениям, советуя при первой к тому возможности выделить хроников и неизлечимых в особую больницу, для чего он признавал наиболее подходящим главный корпус Петропавловской больницы».