В 1886 году Боткин был призван к решению новой задачи, грандиозной по замыслу, но, увы, оказавшейся, невыполнимой при настоящем положении вещей, – к председательствованию в комиссии, учрежденной при медицинском совете, по вопросу об улучшении санитарных условий и уменьшению смертности в России. Учреждение этой комиссии обязано своим происхождением представлению министру внутренних дел заключений, принятых в обществе русских врачей в Петербурге под председательством Боткина и по докладу доктора Экка, о чрезмерной смертности в России. Из данных за последние годы, сгруппированных доктором Экком, явствовало, что смертность у нас значительно превосходит смертность в других европейских странах и, составляя 35 смертей на тысячу человек в год, уносит из каждой тысячи населения на 10 человек больше, чем в Германии; на 15 больше, чем во Франции; на 16 – чем в Англии, и, наконец, чуть не на 20 человек больше, чем в Норвегии. На основании этих точных данных сравнительной статистики и представлены были министру заключительные выводы Общества русских врачей, обращавших внимание центральной власти на то, что смертность у нас есть насильственная, а не естественная, и что борьба с нею составляет нашу первую государственную потребность для поднятия благосостояния населения повышением его рабочей способности. Учреждение комиссии с таким первостепенным и гуманным деятелем во главе, как Боткин, возбудило у врачей и во всех русских образованных людях радостные ожидания на улучшение состояния санитарии в России и с первого же заседания показало, что она взглянула широко на поставленную перед ней задачу, заявив о необходимости коренного преобразования существующих административных инстанций, заведующих санитарными вопросами, и предложив заменить их учреждением Главного управления по делам здоровья. «Без реорганизации администрации врачебно-санитарных учреждений, – высказался один из членов комиссии, покойный профессор Доброславин, – не только невозможно что-нибудь сделать для улучшения санитарного положения населения, но невозможно и рассуждать о том за полным отсутствием данных, на коих таковые рассуждения могли бы опираться». Но так как подобная реогранизация не входила по крайней мере в ближайшие намерения правительства, то заседания комиссии утратили в дальнейшем своем ходе всякую твердую, реальную почву под собою и свелись к обсуждению частных, второстепенных мер, слишком мало оправдывавших ее громкое назначение. Ей так-таки и не удалось выйти из своего подготовительного периода, и, протянув три года чахлое существование, на оживление которого Боткин потратил немало драгоценного времени, не будучи в состоянии добиться сколько-нибудь практических результатов, она умерла вследствие отсутствия всяких условий для ее существования. Надо было знать, как горячо взялся Боткин за предложенную задачу, чтобы понять его горечь и разочарование при ее неудаче. Некоторую пользу лично для себя он, пожалуй, извлек из этого труда, познакомившись короче при разработке собранного материала с врачебною деятельностью земств, – это знакомство расширило его взгляды на значение общественной самодеятельности, фактически доказав ему, что даже в специальном деле улучшения санитарных условий, то есть там, где вверенная его руководству комиссия потерпела такое полное крушение, многие земства со своими ограниченными материальными, интеллектуальными средствами, стесненные в правах инициативы, начинают достигать медленного, но заметного успеха благодаря настойчивой и сознательной работе на общее благо и достигают этого прежде всего с помощью организации более рационального народного образования, так как подъем культуры делает народ более доступным для врачебной помощи и более восприимчивым к распространению среди него здравых санитарных и гигиенических понятий и мер.