Отдаваясь изучению малознакомых ему прежде вопросов общественной медицины, городской и сельской, Боткин делал это никак не в ущерб клиническому преподаванию, которому продолжал служить с прежней юношеской страстью. С тем же неостывающим прилежанием следил он за колоссальным развитием европейской науки, подхватывал на лету всякую новую плодотворную мысль или новое открытие, подвергал их своему критическому анализу и, убедившись в жизненности и значении, старался развивать дальше, чтобы сделать достоянием слушателей. Известно, какое огромное практическое значение за последние годы приобрело благодаря открытиям Пастера и Коха и трудам их последователей учение о микробах, изменившее понятие о сущности многих болезней, – и поседевший уже, но вечно неутомимый наблюдатель и работник Боткин, пользуясь летним отдыхом на даче, проводит целые часы над микроскопом и, напрягая свое слабое зрение, старательно изучает этих вновь открытых «врагов человечества». «Теперь я засел, – пишет он в письме от 4 августа 1885 года из Финляндии, – за литературные штудии микробного мира, который действует на меня угнетающим образом; микробы начинают одолевать старого человека в буквальном смысле слова; на старости лет приходится ставить свои мозги на новые рельсы. Без сомнения, мы переживаем в медицине тот период увлечения, какому подлежит всякое новое направление, имеющее большую степень значения; нам пришлось начать изучение медицины с абсолютных истин Рокитанского, потом мы променяли их на клеточную теорию Вирхова, а теперь надо совершенно серьезно считаться и с микробами, из-за которых начинают забывать не только клинику, но и патологическую анатомию тканей, забывают значение реакции организмов на микробов». Несмотря на такой несколько скептический тон и в отношении к своим силам, и к микробам, стареющий ученый и на этот раз не дал себя одолеть последним и, отлично изучив и усвоив себе новое учение, отвел ему подобающее и весьма выдающееся место в своем преподавании.
Наконец, впечатлительная и нестареющая ясность этого пытливого ума прекрасно проявилась буквально за несколько месяцев до смерти Боткина в разработке поднятого им вопроса о естественной и преждевременной, вследствие болезней, то есть о физиологической и патологической старости. Само возбуждение этой интересной и оригинальной темы настолько дополняет представление об инициаторской способности Боткина к постановке новых наблюдений и умению подойти к наивозможно практическим выводам из них, что мы позволим себе заимствовать рассказ о том из труда доктора Кадьяна «Население С.-Петербургских градских богаделен», вышедшего в 1890 году и посвященного памяти Боткина. В феврале 1889 года среди призреваемых городских богаделен обнаружено было три случая сыпного тифа; Боткин как почетный попечитель заехал в богадельни, чтобы прояснить для себя причину появления эпидемии, и при этом обратил внимание на недостаточность числа врачей, полагаемых при учреждении (их там было всего двое); немедленно же об этом он уведомил городского голову, указывая на необходимость увеличить медицинский персонал и предлагая начать с того, чтобы пригласить десятерых опытных врачей для предварительного осмотра всех призреваемых и выделении больных в особую группу. Больничная комиссия нашла ходатайство Боткина заслуживающим полного уважения и просила его самого принять на себя труд общего наблюдения и руководства занятиями десяти командируемых врачей, предоставив выбор их на его усмотрение. Боткин отобрал надежных молодых врачей, пригласил их к себе и, познакомив с предстоящим делом, особенно развил перед ними мысль, что не следует ограничиваться простым осмотром больного и дряхлого населения богаделен, а надо обстоятельно осмотреть всех призреваемых ввиду научного интереса, представляемого исследованием большого количества лиц в состоянии глубокой старости, – и тут же была составлена самая подробная программа, включающая не только патологические отклонения, но и те физические, какие старческий возраст приносит организму.