Более крупная административная единица —
Верховная власть над архипелагом сосредоточивалась в руках испанского генерал-губернатора, который, будучи главным военачальником, именовался и капитан-генералом. Ему предоставлялись самые широкие полномочия, ибо при тогдашних средствах связи управлять непосредственно из Мадрида было невозможно. Даже королевские указы вступали в силу только после его одобрения, т. е. он самостоятельно решал, применим ли тот или иной указ в конкретных филиппинских условиях.
Чтобы как-то бороться со злоупотреблениями генерал-губернаторов, корона посылала в колонию ревизоров и помимо того в конце срока службы генерал-губернаторов проводила расследование их деятельности, без чего эти чиновники высокого ранга не могли получить нового назначения. Контроль, однако, был недостаточным, и, как правило, они использовали свои посты для личного обогащения. Поэтому их часто отзывали — с 1565 по 1898 г. на Филиппинах сменились 116 генерал-губернаторов, а только за период с 1835 по 1897 г. — 50 (т. е. каждый служил в среднем чуть больше года). Естественно, в таких условиях ни о какой преемственности в деятельности высших колониальных чиновников говорить не приходилось. Дела не доводились до конца, редкие положительные начинания не претворялись в жизнь.
Созданная колонизаторами система управления охватывала всю страну. Различные народности Филиппин страдали от одного и того же зла, подчинялись одним и тем же лицам, должны были соблюдать одни и те же законы. Это явилось сильным объединяющим фактором.
Однако объединение не было результатом развития исстари сложившихся форм организации общества, оно было проведено насильственно извне и осуществлялось варварскими способами. Испанцы отнюдь не ставили своей целью образование филиппинского государства — они думали исключительно об эффективности колониального режима.
Особое место в системе угнетения принадлежало церкви и монашеским орденам, сыгравшим зловещую роль в филиппинской истории. — Духовная власть выступала реальной политической силой и постоянно оспаривала права светской. Корона боялась укрепления и той и другой и была не прочь сознательно стравливать их, сохраняя за собой последнее слово. Исполнительная власть, принадлежавшая генерал-губернатору, была бессильна перед церковной (известной автономией пользовались суд и фиск, подчинявшиеся Мадриду). Борьба между ними шла непрерывно, причем часто принимала крайние формы. Один губернатор был растерзан фанатичной толпой, которую вели монахи, другой — публично обесчещен и сослан на отдаленный остров, где провел пять лет, тщетно пытаясь связаться с Мадридом, третий — брошен в подземелья августинцев. Один архиепископ был заключен в казематы манильского форта, другой подвергся нападению губернаторских солдат, и напрасно он, цепляясь за алтарь, твердил о неприкосновенности священнослужителей, это его не спасло.
Но вообще церковь почти всегда брала верх. Удаленность от метрополии позволяла монахам игнорировать даже те скромные ограничения, которые налагались на них законом и уставами их собственных орденов. Сначала на Филиппины прибыли августинцы, затем появились францисканцы, иезуиты и доминиканцы. О последних здесь говорили не без иронии: они, свято чтя привычки основателя ордена, уговаривали филиппинцев, народ очень чистоплотный, не мыться, в чем, правда, не преуспели. Монахи отличались распущенностью: в документах орденов той эпохи часто фигурирует словечко
Место приходских священников в стране почти всегда занимали монахи (черное духовенство), хотя на эту должность в соответствии с установлениями церкви могли назначаться исключительно представители белого духовенства, подчиненного епископам и архиепископам. Монахи признавали только власть своих орденов, руководство которыми осуществлялось из Рима, и были практически свободны от какого бы то ни было контроля. Они не раз оказывали неповиновение даже манильскому архиепископу.