В Сибири по смерти Кучума продолжалась русская колонизация и строились города: Верхотурье, Мангазея, Туринск, Томск. У Бориса хватило ума достигнуть престола, но не меньше ума, а может быть и счастья, нужно было, чтоб удержаться на престоле. Знатное боярство считало себя униженным вследствие его воцарения. При несомненном уме, ловкости Борис имел один недостаток, сильно ему вредивший, унаследованный от времен Грозного, – страшную подозрительность. Борис не мог возвыситься до сознания, что он земский выборный царь, которого воля народа, не обращая внимания на происхождение, возвела на престол, должен стать выше всяких счетов с боярами, тем более что по своим личным достоинствам он был выше их.
Вот что говорят современники о главном недостатке Бориса, как царя: «цвел он, как финик, листвием добродетели и, если бы терн завистной злобы не помрачал цвета его добродетели, то мог бы древним царям уподобиться. От клеветников изветы на невинных в ярости суетно принимал и поэтому навел на себя негодование чиноначальников всей Русской земли: отсюда много ненасытных зол на него восстали и доброцветущую царства его красоту внезапно низложили».
Подозрительность эта на первых порах уже проявилась в клятвенной записи, но впоследствии дело дошло до опал и доносов. Князьям Мстиславскому и Шуйскому, которые по знатности рода могли иметь притязания на престол, Борис не позволял жениться. С 1600 года подозрительность царя заметно возрастает. Быть может, не лишено вероятности известие Маржерета, что в то время начались темные слухи, что Дмитрий жив.
Первой жертвой подозрительности Бориса был Богдан Вельский, которому царь поручил строить Борисов город. По доносу о щедрости Вельского кратным людям и неосторожных словах: «Борис царь на Москве, а я в Борисове», Вельский был вызван в Москву, подвергся различным оскорблениям и сослан в один из отдаленных городов. Холоп князя Шестунова сделал донос на своего господина. Донос оказался не заслуживающим внимания. Тем не менее доносчику сказали царское жалованное слово на площади и объявили, что царь за его службу и раденье жалует ему поместье и велит служить в детях боярских. Страшное действие имело это поощрение доносов: доносчики явились во множестве.
В 1601 году по ложному доносу пострадали Романовы и их родственники. Старший из братьев Романовых Федор Никитич был сослан в Сийский монастырь и пострижен под именем Филарета; жену его, постригши под именем Марфы, сослали в Толвуйский Заонежский погост, а малолетнего сына их Михаила, будущего царя, на Белоозеро. К унынию, произведенному опалами, к пыткам и козням присоединились физические бедствия.
С 1601 года три года подряд были неурожайными, и начался страшный голод, так что ели, как говорят, даже человеческое мясо. Чтобы помочь голодающим, Борис начал постройки в Москве и раздавал деньги. Эта мера вызвала еще большее зло, так как народ большими массами устремился в Москву и умирал во множестве от голода и моровой язвы на улицах и на дорогах. Только урожай 1604 года прекратил голод. За голодом и мором следовали разбои. Разбойничьи шайки составлялись главным образом из холопов, отпущенных господами во время голода, а также из холопов опальных бояр. Смелый атаман Хлопка Косолап явился под Москвой, но после упорного боя был разбит царскими войсками.
В начале 1604 года стало в Москве достоверно известно, что в Литве появился человек, называющий себя царевичем Дмитрием, а в октябре того же года Самозванец вступил в пределы Московского государства, находя себе повсюду приверженцев. Хотя 21 января 1605 года Самозванец потерпел поражение при Добрыницах, однако снова собрал войско.
Дело находилось в нерешительном положении, когда 13 апреля 1605 года Борис скончался скоропостижно, приняв схиму. Москва присягнула сыну Бориса – Федору, которому отец постарался дать возможно лучшее воспитание и которого все современные свидетельства осыпают большими похвалами.
После смерти Бориса Годунова, в результате восстания горожан 1 июня 1605 года, он был арестован вместе с матерью и сестрой. Федор Борисович и его мать были убиты по приказу Лжедмитрия. Сестра Федора – царевна Ксения, отличавшаяся красотой, была пощажена для потехи Самозванца, впоследствии она постриглась и умерла в 1622 году. Прах царя Бориса, удаленный при Самозванце из Архангельского собора, при Михаиле Федоровиче был перевезен в Троице-Сергиеву лавру, где покоится и ныне; там же покоится и прах семьи Бориса.