Насколько действительно Борис виноват в преждевременной смерти царевича, остается до сих пор темным. Обвинение же Бориса в убийстве основывается главным образом на соображении, что смерть Дмитрия была в интересах Бориса: она не только спасала его от опалы в будущем, но и очищала дорогу к престолу. После угличского происшествия клевета не раз чернила Бориса, обвиняя его в различных злодеяниях и нередко истолковывая лучшие действия его в дурную сторону.
Вскоре после смерти Дмитрия в Москве вспыхнул сильный пожар, истребивший весь Белый город. Борис старался оказать всевозможную помощь погорельцам, и вот пронесся слух, что он нарочно велел зажечь Москву, чтобы милостями привлечь ее жителей. Нашествие крымского хана Казы-Гирея под Москву летом 1591 года приписывалось также Борису, который будто бы желал тем отвлечь внимание народа от смерти Дмитрия. Не пощадили Бориса даже от обвинения в смерти царя Федора, беспотомственная кончина которого ставила Бориса, имевшего много врагов, в трагическое положение.
Борису оставалось одно из двух: или достижение престола, или падение, которое в лучшем случае привело бы его в монастырь. Не только ради честолюбия, но и ради самосохранения он избрал первое. По смерти Федора, последнего царя из династии Рюриковичей, все присягнули царице Ирине, чтобы избежать междуцарствия, но она, чуждая властолюбия, удалилась в московский Новодевичий монастырь, где и постриглась под именем Александры. За Ириной последовал в монастырь и брат. Управление государством переходит в руки патриарха и боярской думы, а правительственные грамоты издаются по указу царицы Ирины. Во главе правительства стал патриарх Иов, действиями которого руководила не просто преданность Борису, но глубокое убеждение, что Борис человек наиболее достойный занять престол и что избрание его в цари обеспечит порядок и спокойствие в государстве.
В пользу избрания Бориса, кроме свойства с покойным царем, всего более говорило долголетнее пользование царской властью при Федоре, а царствование Федора рассматривалось современниками как царствование счастливое. Сверх того, долголетнее пользование верховной властью дало Борису и его родственникам громадные средства и связало с его интересами интересы всей тогдашней администрации Московского государства.
С самого начала патриарх предлагает Бориса в цари и, сопровождаемый боярами, духовенством и народом, просит Бориса принять царство, но получает от него решительный отказ. Чтобы сломить упорство Бориса, созывается Земский собор. 17 февраля выборные собрались к патриарху; большинство из них состояло из духовенства, покорного патриарху, и служилых людей, сторонников Бориса. После речи Иова, прославлявшей Бориса, Земский собор единогласно постановил «бить челом Борису Федоровичу и кроме него никого на государство не искать». 21 февраля после многих упрашиваний под угрозой отлучения от Церкви Борис согласился исполнить просьбу земских людей.
Эти неоднократные отказы со стороны Бориса объясняются сначала ожиданием избрания от Земского собора, а затем русским обычаем, который требовал всякую почесть, даже простое угощение, не принимать по первому приглашению. 30 апреля Борис переехал из Новодевичьего монастыря в Кремль и поселился с семьей в царском дворце. Слухи о нашествии крымцев заставили Бориса вскоре выступить из Москвы во главе огромного войска и остановиться в Серпухове, но вместо орды явились послы от хана с мирными предложениями.
В стане под Серпуховом Борис угощал служилых людей пирами, одарял их, и они остались очень довольны новым царем: «Чаяху и впредь себе от него такого жалованья». Из этого похода царь с торжеством вернулся в Москву, как бы после великой победы. 1 сентября, в день нового года, Борис венчался на царство. Во время венчания, под влиянием радостного чувства у осторожного, сдержанного Бориса вырвались слова, поразившие современников: «Отче великий патриарх Иов! Бог свидетель сему, никто же убо будет в моем царствии нищ или беден!» Тряся за ворот сорочки, царь прибавил: «И сию последнюю разделю со всеми». Царское венчание, кроме пиров во дворце, угощений народа, пожалований в чины, сопровождалось необыкновенными милостями: служилым людям выдано двойное годовое жалованье, купцам дано право беспошлинной торговли на два года; земледельцы освобождены на год от податей; есть известие, что было определено, сколько крестьяне должны были работать на помещиков и платить им; вдовам и сиротам розданы деньги и съестные припасы; освобождены заключенные из темниц и получили вспоможение; иногородцы также были освобождены на год от податей.