За отражение хана Борис получил три города в Важской земле и звание слуги, которое считалось почетнее боярского. За этот неудачный поход татары отплатили в следующем 1592 году нападением на каширские, рязанские и тульские земли, причем увели много пленных.
С Турцией московское правительство старалось сохранить по возможности добрые отношения, хотя действовало вопреки турецким интересам: поддерживало в Крыму враждебную Турции партию, старалось возбудить персидского шаха против Турции, посылало цесарскому двору субсидии деньгами и мехами на войну с турками.
В 1586 году кахетинский царь Александр, теснимый с одной стороны турками, с другой – персиянами, отдался под покровительство России. Ему послали священников, иконописцев, огнестрельные снаряды и возобновили крепость на Тереке, построенную при Грозном; оказали помощь против враждебного Александру тарковского владетеля, но защищать против турок не решались. Англичанам, которые пользовались особенным расположением Бориса, в 1587 году позволено было торговать в России беспошлинно вольной торговлей, но в то же время отказано в их просьбе воспретить другим иноземцам торговлю в России.
В высшей степени замечательна деятельность Бориса по отношению к окраинам Московского государства, как колонизатора и строителя городов. В земле черемисов, усмиренных в начале царствования Федора, для избежания восстаний на будущее время был построен ряд городов, населенных русскими людьми: Цивильск, Уржум, Царев, город на Кокшаге, Санчурск. Нижняя Волга, где опасность представляли ногаи, была обеспечена постройкой Самары, Саратова и Царицына, а также постройкой в Астрахани в 1589 году каменной крепости. Построен был город и на отдаленном Яике (Урале).
Для защиты от опустошительных набегов крымцев Борис воздвиг крепости на южной степной окраине: Курск, Ливны, Кромы, Воронеж, Белгород, Оскол, Валуйки, под прикрытием которых только могла идти на юг русская колонизация. Насколько эти укрепления были неприятны татарам, видно из грамоты крымского хана Казы-Гирея, в которой хан, притворяясь доброжелателем московского правительства, убеждает не строить городов в степи, так как они, находясь близко от турецкой и татарской границ, могут тем легче подвергнуться нападению как со стороны турок, так и татар.
В Сибири, где по смерти Ермака русское дело казалось проигранным, правительство Федора Ивановича восстановило русское господство. И здесь русская колонизация была упрочена постройкой городов: Тюмени, Тобольска, Пелыма, Березова, Сургута, Тары, Нарыма, Кетского острога и переводом поселенцев из России, преимущественно северо-восточной. Во время правления Бориса также усилено укрепление Москвы постройкой Белого города и воздвигнуты каменные стены Смоленска, сослужившие великую службу в Смутное время.
Ко времени правления Бориса относится учреждение патриаршества, которое сравняло первосвятителя Русской церкви со вселенскими восточными патриархами и дало ему первенство перед митрополитом Киевским. Вместе с тем четыре архиепископии были возведены в достоинство митрополий: новгородская, казанская, ростовская и крутицкая: шесть епископов сделались архиепископами, и вновь явилось восемь епископств. Другим важным событием внутренней истории России была отмена Борисом Юрьева дня, то есть права свободного перехода крестьян от одного владельца к другому.
Из указа царя Василия Ивановича Шуйского узнаем, что «царь Федор по наговору Бориса Годунова, не слушая совета старейших бояр, выход крестьян заказал». Указа о прикреплении не сохранилось, но он должен был относиться к первым годам царствования Федора, как видно из царского указа 1597 года. Целью прикрепления было обеспечить государственную службу помещиков и платеж повинностей, а это требовало необходимо твердой оседлости земледельческого класса. Прикрепление совершилось в интересах мелких служилых людей, которые при праве свободного перехода не могли выдерживать конкуренции с крупными светскими землевладельцами, а также с духовными, которые привлекали крестьян на свои земли более льготными условиями. Указ о воспрещении перехода не позволяет, однако, считать Бориса основателем крепостного права, так как оно было создано жизнью, а не законодательным актом.
В 1591 году совершилось событие, имевшее огромное влияние на судьбу Бориса: 15 мая в Угличе погиб царевич Дмитрий, причем жители Углича перебили людей, заподозренных ими в убийстве царевича. Следствие, произведенное на месте особой комиссией, присланной из Москвы, выяснило, что царевич, страдавший падучей болезнью, был не убит, но, играя в тычку ножом, в припадке упал на нож и зарезался. Народная молва обвинила в убийстве Бориса.