Однако, сделав выбор в пользу университетов, Александр I еще не предопределил, какое именно устройство они получат в России. И здесь европейский кризис напрямую сказался, поскольку из-за него в идейных спорах того времени сосуществовали несколько вариантов университетской организации: от традиционной корпоративной до утилитарной, и какая-либо одна точка зрения еще не успела победить. В российском правительстве также не смогли выработать определенную позицию. Это прекрасно показала вскрытая в главе история создания Предварительных правил народного просвещения 24 января 1803 г., в которых соединились различные, порой несовместимые принципы из разных университетских проектов 1802 г., и даже сами разработчики документа, как В. Н. Каразин, не были полностью согласны со всеми закрепленными там нормами. Наряду с утилитарно поставленной целью обучения (подготовка к будущей службе), участием университетов в централизованной системе училищного управления, а также принципами «модернизации» в духе Гёттингена, Александр I ввел туда и начала «университетской автономии», базировавшиеся на средневековых по происхождению привилегиях.
Привлечение новых источников доказало, что ключевую роль в утверждении «университетской автономии» в России имело подписание Александром I «Акта постановления» о Дерптском университете в декабре 1802 г. при активном влиянии, если не сказать нажиме, профессора Г. Ф. Паррота, и что в этом вопросе мнение императора расходилось с позицией руководства министерства народного просвещения. Положения «Акта» перешли затем и в общий Устав российских университетов 1804 г., который, тем самым, получился внутренне противоречивым, а местами даже анахроничным. На чаше весов университетской реформы корпоративные интересы профессоров, поддержанные Александром I, перевесили государственные. В дальнейшем элементы «доклассического» устройства стали тормозом для плодотворного развития и претворения в российских университетах идеалов новой «классической» эпохи, приоритетов эффективной научной деятельности в ее единстве с преподавательским процессом.
Последующая реализация Устава 1804 г., для которой требовался массовый приток университетских ученых в Россию, была бы, естественно, невозможна без обращения за помощью к немецким университетам. Их представители тем охотнее ехали в Россию, что их собственное будущее в Германии периода наполеоновских войн представлялось весьма туманным. При этом выяснилась интересная закономерность: немецкие профессора – выученики еще «доклассической» эпохи с ее автономией – были гораздо упорнее в отстаивании прав и привилегий, дарованных им Уставом 1804 г., нежели их русские коллеги, воспринимавшие как должное распоряжения попечителя университета. Это вызывало разнообразные конфликты в среде профессоров или между ними и начальством (особенно многочисленные в первые годы существования Казанского университета). В то же время многие среди приглашенных из Германии ученых внесли заметный вклад в русскую науку и улучшение университетского преподавания. Они также помогали изменять саму инфраструктуру университетского города, что было особенно важно для российской провинции. Однако их деятельность в России оказалась недолговечной и длилась в среднем лишь около десяти лет. Уже с середины 1810-х гг. началось массовое уменьшение количества немецких профессоров в российских университетах, вызванное разными причинами, но в том числе и правительственной политикой «отторжения» немецких университетов, которая ярко проявилась после окончания наполеоновских войн, и особенно в деятельности министерства духовных дел и народного просвещения под руководством князя А. Н. Голицына.