Но не всё так гладко и у сторонников теории заговора. Если Годунов действительно устроил покушение на царевича, тогда зачем ему же организовывать следствие и ставить в его главе не самого лояльного к себе Василия Шуйского? Спойлер: уже через 15 лет Шуйский сам станет царём после Годунова и начнёт обвинять последнего в убийстве. Да и зачем Шуйскому вместо того, чтобы публично выставить Годунова злодеем, признавать его невиновность? Некоторые историки вопрошают, почему якобы наёмные убийцы выбрали такой бесхитростный способ расправы над царевичем вместо привычного в те времена отравления – было бы куда меньше шумихи и ненужных подозрений. Перемена показаний Шуйского и Нагой в дальнейшем может трактоваться как попытка остаться в политическом тренде, когда люди готовы признать что угодно, лишь бы не потерять влияние. Оттого и версии той же Марии Нагой кажутся притянутыми за уши – так, через 15 лет она заявит, что якобы давно знала о покушении, а потому специально подготовленный итальянский лекарь нашёл очень похожего мальчика, которым подменял Дмитрия на публике. Мол, во время угличской трагедии погиб «дублёр», а настоящий Дмитрий покинул Россию. Всё это напоминает байки про двойников знаменитостей, которые существуют до сих пор.
Ясно одно: решение комиссии устраивало не всех, и вражда Годуновых с другими боярскими кланами постоянно давала почву для новых «сенсаций». Так, довольно популярной была молва о том, что хитроумный Борис Годунов даже смог подменить на самом деле родившегося сына Федора Ивановича и своей сестры Ирины на девочку, а настоящего ребёнка умертвить. Абсолютно любая неприятность, которая могла произойти с царевичем Дмитрием, при любом раскладе вредила репутации Годунова и ухудшала и без того шаткое положение династии Рюриковичей.
Новых детей у царской четы так и не появилось, а здоровье Фёдора Ивановича ухудшалось с каждым годом. Царь так и не расстался с Ириной Годуновой, обрекая Рюриковичей на угасание. Если он и правда был слаб умом и рассудком, то мог не понимать, к каким последствиям для всего царства приведёт его верность. А если же Фёдор действовал самостоятельно, то, возможно, он рассчитывал на Ирину и её новый брак. Но уже в январе 1598 года, сразу же после смерти царя от болезни, она постриглась в монахини и отошла от политических дел.
Страна впервые встала на перепутье. Со смертью бездетного Фёдора Ивановича и загадочной гибелью царевича Дмитрия род Рюриковичей прервался по прямой мужской линии. Да, было множество побочных ветвей этой династии, но то были очень дальние родственники. Да, было немало и родственников супруг и детей Ивана IV Грозного, которые имели не кровные, но юридические права на престол. Кто бы ни стал следующим правителем Русского царства, он должен был ввести страну в совершенно новое для неё время.