Как вспоминал Родзянко, Николай II не испытывал к Гермогену личной неприязни: «В одном из ближайших моих всеподданнейших докладов я доложил всю подноготную инцидента в Св. синоде и просил смягчить участь невинно пострадавшего владыки. Государь ответил мне буквально следующее: „Я ничего не имею против епископа Гермогена. Считаю его честным, правдивым архипастырем и прямодушным человеком, способным стойко и бесстрашно отстаивать правду и непоколебимым в служении истине и достоинству Православной церкви. Он будет скоро возвращен. Но я не мог не подвергнуть его наказанию, так как он открыто отказался подчиниться моему повелению“.
Но прощения все же не последовало. Вероятно, иные воздействия оказались сильнее и поколебали слабую волю императора».
Наиболее прямо и откровенно высказался о Гермогене митрополит Евлогий: «Одним из друзей Распутина, которые от него отшатнулись, лишь только они поняли, с кем имеют дело, был Саратовский епископ Гермоген. Аскет, образованный человек, добрейший и чистый, епископ Гермоген был, однако, со странностями, отличался крайней неуравновешенностью, мог быть неистовым. Почему-то он увлекся политикой и в своем увлечении крайне правыми политическими веяниями потерял всякую веру. Интеллигенцию он ненавидел, желал, чтобы всех революционеров перевешали… Он ополчился против Распутина, когда убедился в его безнравственном поведении, и решил зазвать его к себе, дабы в присутствии писателя Родионова и иеромонаха Илиодора взять с него заклятие, что он отныне не переступит порога царского дворца. Говорят, епископ Гермоген встретил его в епитрахили, с крестом в руке. Распутин клятвы давать не хотел и пытался скрыться. Родионов и Илиодор бросились за ним на лестницу, его настигли, и все трое покатились по ступеням вниз… а епископ Гермоген, стоя на площадке в епитрахили и с крестом в руке, кричал: „Будь проклят! проклят! проклят!..“ Распутин вырвался из рук преследователей. „Попомните меня!“ — крикнул он и исчез. Епископ Гермоген и Илиодор стали бомбардировать Государя телеграммами, умоляя его не принимать Распутина. Государь оскорбился и приказал вернуть епископа Гермогена в епархию, а Илиодора Святейший синод сослал во Флорищеву пустынь (Владимирской епархии). Епископ Гермоген приказу не подчинился; тогда Государь прислал флигель-адъютанта, который „именем Государя Императора“ приказал ему сесть в автомобиль; его отвезли на вокзал и переправили в Жировицкий монастырь (Гродненской губернии). Была назначена ревизия Саратовского Епархиального управления; она обнаружила полную безответственность главы епархии и непорядки вопиющие. Оказалось, что епископ Гермоген не распечатывал многих приходящих на его имя бумаг, в том числе даже указов Святейшего синода, — бросал их в кучу, в пустой комнате. Заточение создало епископу Гермогену ореол мученика. Впоследствии, уже после революции, его выпустили и назначили епископом Тобольским; в этом звании он и был членом Всероссийского Церковного собора. Когда царская семья находилась в заточении в Тобольске, он пытался что-то для Государя сделать. Большевики с ним расправились жестоко — его привязали к колесу парохода и пустили машину в ход: лопастями колеса его измочалило…»
Митрополит Евлогий был врагом Распутина. Это он, как вспоминал октябрист Александр Гучков, «в присутствии Саблера обрушился на Синод и Обер-прокурора со всей несдержанностью накипевшего негодования. Он говорил не голословно — приводил факты, которые разоблачали весь ужас того, что происходит. Из его речи можно было заключить, что Синод Распутину мироволит и Оберпрокурор всячески добивается его расположения…»
Илиодор покинул Петербург раньше Гермогена, распространив слух о том, что покаяния ради отправляется во Флорищеву пустынь пешком. На самом же деле Петербурга он не покидал, а попросту прятался около недели у тибетского доктора Бадмаева, сочиняя между делом для знакомых письма о своем «паломничестве»: «Шел ночами… В котомке за плечами нес святую Библию… Отдыхал днем в самых глухих деревушках… Все время я пел псалмы и молитвы… На станции Чудово меня нашел по условному знаку нарочный владыки Гермогена и передал письмо. Горько мне было прекращать паломничество, но повеление подвижника-святителя победило меня. Я возвратился утром двадцать шестого января в четверг в Питер… и добровольно и охотно отдался в руки полиции».
Петр Александрович Бадмаев, происходивший из знатного бурятского рода и еще в юности приехавший в Петербург из Восточной Сибири, поначалу работал в тибетской аптеке, принадлежавшей его старшему брату, затем учился на восточном отделении Петербургского университета и в Военно-медицинской академии. В Петербурге Бадмаев принял православие и из Жамсарана превратился в Петра Александровича. Алесандровича — потому что его крестным отцом был великий князь Александр Александрович, будущий император Александр III.